如何使用R计算Tanimoto/Jacquard分数作为距离矩阵

Question

我想使用Tanimoto/Jacquard得分作为距离矩阵，计算R中数组行之间的距离矩阵。请问是否可以实现？如果可以，请教一下具体操作步骤。

- Catherine

Answer 1

vegan包含一个vegdist函数，可以计算许多指标，其中包括Jaccard指数。假设这就是你需要的指标。使用方式非常简单。

library(vegan)
data(varespec)
vare.dist <- vegdist(varespec, method = "jaccard")

其他可用的方法包括

method   Dissimilarity index, partial match to "manhattan", "euclidean",
 "canberra", "bray", "kulczynski", "jaccard", "gower", "altGower", "morisita",
 "horn", "mountford", "raup" , "binomial" or "chao"

- Roman Luštrik

Answer 2

我认为你在搜索“Jacquard”而不是“Jaccard”时可能会有更多的运气。

• 安装 'sos' 包 (install.packages("sos"))
• 查找包含这些字符串的函数 (library(sos); findFn("tanimoto jaccard"))。
• 浏览结果，寻找适合的内容（在我看来，这个网址可能是您最好的选择；install.packages("ade4"); library("ade4"); ?dist.binary）
• 如果您不知道如何使用它，请编辑您的问题，并提供一个小的可重现示例。

- Ben Bolker