如何使用R中的gDistance计算距离矩阵？

Question

如何使用R中的gDistance计算距离矩阵？

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我想计算多边形之间的距离，使用Hausdorff距离进行计算。目前只能计算两个多边形之间的距离，请问如何计算多个多边形之间的距离？需要您的帮助。

代码如下：

library(maptools)

library(rgdal)

shape <- readShapePoly("clipjawa.shp") #加载.shp文件

pemalang <- shape[1,1] #将多边形1的坐标保存到变量pemalang中

tegal <- shape[2,1] #将多边形2的坐标保存到变量tegal中

distance <- gDistance(pemalang,tegal,hausdorff=TRUE) #计算距离

- user3705542

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- jbaums · Accepted Answer

有几种方法可以解决这个问题，但可能最简单的方法是识别多边形索引的所有组合（对），并将 gDistance 应用于每个组合。

以下是一个示例，使用 maptools 中包含的 wrdl_simpl 数据集，计算非洲所有国家之间的豪斯多夫距离。

# Load and project the data
library(maptools)
data(wrld_simpl)
africa <- spTransform(subset(wrld_simpl, REGION==2), 
                      CRS('+proj=eqc +lon_0=20.390625'))

# Calculate all pairs of polygons
combns <- t(combn(length(africa), 2))

# Split the SPDF into a list of SPDFs
africa.split <- split(africa, seq_len(length(africa)))

# For each row of combns, calculate Haus. dist. for the relevant pair of 
#  polygons
dists <- apply(combns, 1, function(x) 
  gDistance(africa.split[[x[1]]], africa.split[[x[2]]], hausdorff=TRUE))

您可以将这些结果绑定到组合矩阵中以方便处理：

hdists <- cbind.data.frame(from=as.character(africa$NAME[combns[, 1]]), 
                           to=as.character(africa$NAME[combns[, 2]]), 
                           d=dists)

head(hdists)

#      from                               to       d
# 1 Algeria                           Angola 4733071
# 2 Algeria                            Benin 2807129
# 3 Algeria                            Congo 4056594
# 4 Algeria Democratic Republic of the Congo 4532625
# 5 Algeria                          Burundi 5464898
# 6 Algeria                         Cameroon 3071739

另一种方法是使用outer，但这样做效率可能会较低，因为它会计算所有距离两次（但它可以直接返回距离矩阵，这可能是可取的）。

outer(africa.split, africa.split, FUN = Vectorize(function(x, y)  
  gDistance(x, y, hausdorff=TRUE)))

(更新一个例子)