如何在M1芯片的MacOS上安装h5py（Keras所需）？

Question

我有一台M1 MacBook。我使用pyenv安装了Python 3.9.1，并拥有pip3版本21.0.1。 我已经安装了Homebrew和hdf5 1.12.0_1，通过brew install hdf5命令进行安装。 当我输入以下命令时：

pip3 install h5py

我收到了这个错误：

Requirement already satisfied: numpy>=1.19.3 in /Users/.../.pyenv/versions/3.9.1/lib/python3.9/site-packages (from h5py) (1.20.0)
Building wheels for collected packages: h5py
  Building wheel for h5py (PEP 517) ... error

  Loading library to get build settings and version: libhdf5.dylib
  error: Unable to load dependency HDF5, make sure HDF5 is installed properly
  error: dlopen(libhdf5.dylib, 6): image not found
  ----------------------------------------
  ERROR: Failed building wheel for h5py

我看到/opt/homebrew/opt/hdf5/lib目录下有libhdf5.dylib文件，因此我尝试在安装h5py之前运行export LDFLAGS="-L/opt/homebrew/opt/hdf5/lib" 和 export CPPFLAGS="-L/opt/homebrew/opt/hdf5/include"，但是它们并没有起作用。

请问如何安装h5py？

实际上我是要安装h5py来满足安装Keras的要求。

谢谢！

- Racing Tadpole

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我不是Mac用户，所以帮助有限。然而，我看到了一个类似的问题，关于在Mac M1上安装Python包。他没有使用pip来安装包。相反，他使用了macports，像这样：sudo port install package_name。祝你好运。 - kcw78

Answer 1

这对我有用：

$ brew install hdf5
$ export HDF5_DIR="$(brew --prefix hdf5)"
$ pip install --no-binary=h5py h5py

- user15990707

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更多信息请访问：https://docs.h5py.org/en/latest/build.html#custom-installation - Pieter Meiresone

很高兴听到这对别人有效。然而，对我来说却失败了，出现了6个编译错误（h5py版本2.10.0--Keras兼容性问题）。 - ephsmith

它可能不再是1.12.0_4了。对我来说，它是1.13.0。请相应更新。 - Scaraux

我还需要导出包含目录：export HDF5_DIR="$(brew --prefix hdf5)" export CPATH=$(brew --prefix)/include:${CPATH} - patzm

无法帮助。这里出现了问题：“error: dlopen(/usr/local/opt/hdf5/lib/libhdf5.dylib, 0x0006): tried: '/usr/local/opt/hdf5/lib/libhdf5.dylib' (mach-o file, but is an incompatible architecture (have (x86_64)," - GoingMyWay

Answer 2

尝试使用conda安装h5py。这对我有效。

conda install h5py

- Vasantharajan Charangan

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简单明了的解决方案。在我的苹果 M1 Mac Mini 上运行良好。谢谢！ - RandomWalker

使用搭载 M1 芯片的 MacBook 工作。 - MichaelHuelsen

很高兴Anaconda为我们M1用户提供支持。他们在让所有东西正常工作方面做得相当不错。可惜的是，我不能在每个项目中都使用Anaconda。 - ephsmith

这个非常好用。我甚至没有使用Anaconda（我用它的环境依然没有变化）。这个安装了h5py和其他库到系统里，同时也满足了我所有由python.org/pip管理的tables和其他软件包的需求。我想避免在这个系统上使用homebrew，这个就是完美的解决方案！ - Zim

Answer 3

以下是在 macOS M1 上安装 hdf5 的步骤。

步骤 0（可选）：如果您已经安装了 brew，请使用 brew 卸载 hdf5。

brew uninstal hdf5 --ignore-dependencies  

步骤1：使用brew安装hdf5。

arch -arm64 brew install hdf5

第二步：找到hdf5和hdf5.h的目录。

sudo find / -iname "*hdf5.h*" # use sudo if possible

在我的笔记本电脑上，输出是：

/usr/local/include/hdf5.h
/usr/local/Cellar/hdf5/1.12.2_2/include/hdf5.h
/usr/local/Cellar/opencv/4.7.0_2/include/opencv4/opencv2/flann/hdf5.h
/usr/local/Cellar/vtk/9.2.6/include/vtk-9.2/vtk_hdf5.h
/System/Volumes/Data/usr/local/include/hdf5.h
/System/Volumes/Data/usr/local/Cellar/hdf5/1.12.2_2/include/hdf5.h
/System/Volumes/Data/usr/local/Cellar/opencv/4.7.0_2/include/opencv4/opencv2/flann/hdf5.h
/System/Volumes/Data/usr/local/Cellar/vtk/9.2.6/include/vtk-9.2/vtk_hdf5.h

步骤三: 设置 CPATH 和 HDF5_DIR。

export CPATH=$CPATH:/usr/local/include/:/usr/local/Cellar/hdf5/1.12.2_2/include

并且

export HDF5_DIR=/usr/local/Cellar/hdf5/1.12.2_2

请注意，在您的笔记本电脑上，这些目录可能会有所不同。

第四步：使用pip安装hdf5。

arch -arm64 pip3.9 install hdf5

然后它成功地完成了安装。

- GoingMyWay