在Java中运行R脚本

Question

我在尝试从Java Netbeans在Mac OS上运行R脚本时遇到了问题。我在网上寻找了解决方法，但是没有任何有效的方法解决我的问题。

我已经尝试使用Rserve和Runtime.getRuntime().exec("Rscript myScript.R")，但两个方法都不能正常运行我的程序。

当我使用Rserve时，在R控制台上运行Rserve(args="--no-save")，在Java程序中运行Rconnection.eval("\myscript.R")，然后执行程序时，程序会一直运行而没有任何响应，也没有出现错误和停止。事实上，当我尝试执行更简单的R脚本，例如计算平均值或类似的操作时，它可以正常工作。但是，当我尝试将data.frame转换为xts/zoo时间序列或仅在我的脚本中首先加载xts/zoo库时，程序就不会停止运行并且不会有任何输出。

另一方面，当我像其他类似文章中那样尝试执行"Runtime.getRuntime().exec("Rscript myScript.R")"时，什么也不会发生。虽然程序似乎正在执行脚本，但它没有给我任何结果，至少停止运行了。可能是因为Mac OS的原因，我无法告诉Java Rscript或R.app的路径，我不是很确定。

非常感谢您能帮助我。

Javi.

文件代码如下：

public void Rconnection () {

RConnection c=new RConnection();
System.out.println("INFO : Trying to Connect to R");                          
c.parseAndEval("source(\"/scriptname.R\")");
System.out.println("Greeting from R:" + result.asString());
c.close();
}

以下是 R 代码：

EU.df <- read.csv("/myinput.csv",header=T)
EU.xts <- xts(EU.df[,2:5],seq(as.Date("1970-01-02"),len=nrow(EU.df),by="day"))
write.csv(EU.df, file = "/myoutputfile.csv",row.names=FALSE)

也许是因为R库出现了一些问题或者是由于MAC OS的原因。

- JaviMartinez

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我不知道RScript是什么，但我认为我们不再使用Runtime.getRuntime()了。我印象中我们已经转向使用ProcessBuilder。其次，你尝试过从命令行运行这个RScript吗？最后，由于我看不到你的代码，你是否同时读取了STDOUT和STDERR？可能是你的RScript出了一些问题，但你正在读取错误的输出流以便能够正确地查看它。 - CodeChimp

该死，看起来很糟糕！编辑你的问题并将代码放在那里。 - alex

我已经尝试通过 library(xts/zoo) 和 c.eval("library(xts)") 在 R 脚本中调用库，但都没有起作用。 - JaviMartinez

你的意思是：“尽管停止运行，但没有给我任何结果。”。你的脚本编写了一个硬编码的csv文件。你试过看看它是否被创建了吗？！ - Karl Forner

^ 而：问题究竟是什么？你得到了哪个错误？ - David Merinos

Answer 1

你试过使用JRI吗？它可能会“阻塞”，不像RServe，并且可以给你更好的提示信息。

例如：

REngine re = new JRIEngine(new String[] { "--no-save" }, new RCallback(), false);
re.parseAndEval("source(\"/scriptname.R\")");
re.close();

- J. Dimeo