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ggplot2绘图比数据框中的点多，geom_point + facet_grid

rggplot2
3

我有一些数据，想要制作盒形图并在其上覆盖点的抖动效果。我的问题在于这些点，所以我们将重点放在这里。

以下是数据：

> dput(test)
structure(list(var1 = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 
4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 6L, 6L, 6L, 6L, 
6L, 6L, 6L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 8L, 8L, 8L, 8L, 8L, 8L, 
8L, 9L, 9L, 9L, 9L, 9L, 9L, 9L), .Label = c("A", "B", "C", "D", 
"E", "F", "G", "H", "I"), class = "factor"), var2 = structure(c(1L, 
2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 1L, 2L, 3L, 
4L, 5L, 6L, 7L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 
6L, 7L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 
1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L), .Label = c("V1", 
"V2", "V3", "V4", "V5", "V6", "V7"), class = "factor"), response1 = c(5L, 
6L, 5L, 5L, 5L, 5L, 4L, 6L, 6L, 5L, 5L, 6L, 6L, 4L, 1L, 1L, NA, 
1L, NA, NA, 1L, 1L, 1L, NA, 1L, NA, NA, 1L, 5L, 5L, 4L, 5L, 3L, 
2L, 3L, 1L, 1L, NA, 1L, NA, NA, 1L, NA, NA, 2L, NA, 3L, 1L, NA, 
NA, NA, 4L, NA, 4L, 5L, NA, NA, NA, 1L, NA, 1L, 1L, NA), response2 = c(2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 4L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 5L, 5L, NA, 
5L, NA, NA, 5L, 5L, 5L, NA, 5L, NA, NA, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 
5L, 5L, 5L, 5L, NA, 5L, NA, NA, 5L, NA, NA, 5L, NA, 5L, 5L, NA, 
NA, NA, 5L, NA, 5L, 5L, NA, NA, NA, 5L, NA, 5L, 5L, NA), response3 = c(4L, 
5L, 1L, 1L, 4L, 1L, 1L, 4L, 5L, 1L, 1L, 5L, NA, 1L, 4L, NA, NA, 
NA, 3L, 2L, NA, 4L, NA, NA, NA, 3L, NA, NA, 4L, NA, 1L, NA, 3L, 
NA, 2L, 4L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 2L, 1L, 1L, NA, NA, 1L, 
NA, 3L, 1L, NA, NA, NA, 1L, NA, 3L, 1L, NA, NA, NA, 1L)), .Names = c("var1", 
"var2", "response1", "response2", "response3"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-63L))

我使用了reshape2来对我的数据进行融合，以便于在绘图命令中进行分面/简化：

library(reshape2)
test_melted <- melt(test, id.var = c("var1", "var2"), na.rm = T)

这里是我创建的情节：

library(ggplot2)
p <- ggplot(test_melted, aes(x = var1, y = value)) + geom_point()
p <- p + facet_grid(~variable) + coord_flip()
p <- p + geom_jitter(position = position_jitter(width=0.2, height = 0.2))
p

这将产生以下结果：

enter image description here

看起来很正常，但我注意到每个方面/因子水平似乎都有比应该多的点数。我缩小范围只针对var1的一个级别。

test_subset <- test_melted[test_melted$var1 == "E", ]

nrow(test_subset)
[1] 18

summary(test_subset)
      var1    var2        variable     value  
 E      :18   V1:3   response1:7   Min.   :1  
 A      : 0   V2:2   response2:7   1st Qu.:3  
 B      : 0   V3:3   response3:4   Median :5  
 C      : 0   V4:2                 Mean   :4  
 D      : 0   V5:3                 3rd Qu.:5  
 F      : 0   V6:2                 Max.   :5  
 (Other): 0   V7:3

因此，我们应该总共绘制18个点（7个用于response1，7个用于response2，4个用于response3）。让我们试试：

p <- ggplot(test_subset, aes(x = var1, y = value)) + geom_point()
p <- p + facet_grid(~variable) + coord_flip()
p <- p + geom_jitter(position = position_jitter(width=0.2, height = 0.2))
p

enter image description here

在response1、response2和response3方面，我计算出了11个点、8个点和8个点。

这一定是我忽略的一些愚蠢的问题。我已经用过很多点图来进行分面处理，但从来没有发生过这种情况（或者从来没有注意到！）。

我尝试的事情：

  • 删除coord_flip()
  • test_subset <- droplevels(test_subset)，以防空因子水平影响了某些内容
  • 尝试使用facet_grid(~variable) vs. facet_grid(.~variable) vs. facet_grid(variable~) vs. facet_grid(variable~.)

最后需要注意的是，根据是否进行分面处理，我得到的点数不同。如果进行分面处理，则得到11 + 8 + 8 = 27，如果删除facet_grid(~variable)，则得到23个点。

感谢任何建议！

你尝试过添加一些颜色来区分点吗？比如 ggplot(test_melted, aes(x = var1, y = value, color = var2))。 - agstudy
1个回答
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问题并不是因为分面，而是由于在绘图中使用了两个几何图形。因此，geom_point会将所有点绘制在同一位置，然后geom_jitter会再次绘制它们在随机位置上。这就是为什么你可以在每个图中看到一个多余的点。
如果你移除对geom_point的调用，一切就恢复正常：
p <- ggplot(test_subset, aes(x = var1, y = value))
p <- p + facet_grid(~variable) + coord_flip()
p <- p + geom_jitter(position = position_jitter(width=0.2, height = 0.2))
p

enter image description here

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谈论认为你已经尝试了一切，但最终仍然感到愚蠢！谢谢！ - Hendy
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