如何导入一个.tsv文件

Question

我需要在R中读取一个 .tsv 文件作为表格。

test <- read.table(file='drug_info.tsv')
# Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  : 
#   line 1 did not have 10 elements
test <- read.table(file='drug_info.tsv', )
# Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  : 
#   line 1 did not have 10 elements
scan("drug_info.tsv")
# Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  : 
#   scan() expected 'a real', got 'ChallengeName'
scan(file = "drug_info.tsv")
# Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  : 
#   scan() expected 'a real', got 'ChallengeName'

我该如何阅读它？

- Andrew Voronkov

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请将文件的前5行复制/粘贴到您的问题中并删除图片。 - Rich Scriven

基本上就是使用默认设置的 read.delim。 - rawr

read.table 默认使用空格分隔符（即通常的空格或制表符）。如果有空格，您可以使用 sep="\t" 显式设置分隔符为制表符。read.table 适用于有效的输入文件，因此如果导入数据时出现问题，则是文件而不是函数的问题。因此，为了帮助您，我们需要您分享实际尝试导入的文件样本，而不是其他程序中数据的图片。 - MrFlick

Answer 1

这应该可以解决问题：

read.table(file = 'drug_info.tsv', sep = '\t', header = TRUE)

- Robert

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应该会出现与报告相同的错误，第一行元素不足。 - Robert Hijmans

我认为这里的负评有点过早了，因为我们还没有任何实际数据可以用任何方法进行测试。 - Rich Scriven

Answer 2

使用data.table包中的fread函数可以读取数据，并且可以避免使用read.table时出现的错误。

require(data.table)

data<-as.data.frame(fread("drug_info.tsv"))

- TBhavnani

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这个解决方案值得点赞，因为它可以处理大型数据表格，避免在ShinyUI网页上会话超时。 - Stone

这是一个非常棒的答案！谢谢！ - stats_noob

Answer 3

您可以将数据视为CSV，并指定制表符分隔。

read.csv("drug_info.tsv", sep = "\t")

- Sam Old

Answer 4

utils::read.delim()是在不想安装其他库的情况下最常用的方法。示例代码可能如下：

test <- read.delim(file='drug_info.tsv')

或者更友好的io函数可以从readr库中获得，其中一个名为read_tsv的函数可以直接使用：

test <- readr::read_tsv('drug_info.tsv')

- 千木郷

Answer 5

假设只有第一行元素数量不正确，并且这是列名所在的行。跳过第一行：

 d <- read.table('drug_info.tsv', skip=1)

现在阅读它

 first <- readLines('drug_info.tsv', n=1)

检查它，并修复它，使其元素数量与d相匹配，然后。

 colnames(d) <- first

如果那不起作用，您可以执行

 x <- readLines('drug_info.tsv')  

以及像这样的诊断：

 sapply(x, length)

- Robert Hijmans

Answer 6

您需要包含 fill = TRUE。

test <- read.table(file='drug_info.tsv', sep = '\t', header = TRUE, fill = TRUE)

- woutcault