无法加载rgdal

Question

我在Ubuntu上将GDAL更新到2.2.2版本后，rgdal在R中无法正常运行。加载rgdal时出现以下消息（我也尝试更新了rgdal，但不起作用）。

Error in get(method, envir = home) : 
  lazy-load database '/home/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/rgdal/R/rgdal.rdb' is corrupt
In addition: Warning messages:
1: In .registerS3method(fin[i, 1], fin[i, 2], fin[i, 3], fin[i, 4],  :
  restarting interrupted promise evaluation
2: In get(method, envir = home) :
  restarting interrupted promise evaluation
3: In get(method, envir = home) : internal error -3 in R_decompress1
Error: package or namespace load failed for ‘rgdal’

有没有什么办法可以修复这个问题？

- user13317

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你试过重新安装 rgdal 吗？ - Tung

@Tung 是的，我尝试重新安装 rgdal，但没有任何效果。我通过更新头文件来解决了这个问题。 - user13317

你修好了吗？请将你的解决方案添加为答案！ - Ott Toomet

@ott-toomet 我不认为我能回答，反正我也看不到链接。我运行了这个命令 sudo add-apt-repository -y ppa:ubuntugis/ubuntugis-unstable && sudo apt update && sudo apt upgrade 但是现在我遇到了以前从未遇到过的错误，真烦人...我收到一个错误消息说我的proj4string无效，这在过去从未发生过，并且在QGIS中可以工作。 - user13317

好的，所以更像是一个可行的hack。 - Ott Toomet

Answer 1

我成功解决了这个问题，方法是删除我损坏的rgdal安装程序，然后重新安装。警告信息应该指示文件夹的位置（在您的情况下为/home/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/rgdal）。

在终端中，您可以使用以下命令删除已安装的版本：rm -rf path/to/rgdal，其中path/to/rgdal将特定于您的系统和版本。然后在R中使用install.packages('rgdal')重新安装。最初的回答。

- Damian Satterthwaite-Phillips

Answer 2

对我有用的方法

1. 打开终端
2. 运行brew install gdal（此步骤可能需要几分钟）

• 注意：在第2步之后，如果您已经安装了它（我遇到了这种情况），它可能会出现错误。如果出现此错误，请运行brew upgrade gdal（可能需要几分钟）

3. 从源代码重新安装rgdal：

install.packages("rgdal", repos = NULL, type="source")

4. 重新启动您的R会话（即关闭并重新打开RStudio）- 您不能跳过此步骤

现在尝试 library(rgdal) - 它应该成功！

其他尝试方法

如果上述步骤不起作用，请尝试以下任何一种：

• 下载 rgdal 包源文件并手动编译，方法是 前往 CRAN 并下载源文件（点击这里），然后通过运行 install.packages("path/to/downloaded/file/rgdal_1.5-23.tar.gz", repos = NULL, type="source") 安装
• 关闭并重新打开 RStudio，这可能会有所帮助
• 还值得尝试手动删除已损坏的文件（例如使用 rm /Users/$USER/Library/R/4.0/library/rgdal/R/rgdal.rdb），然后运行 install.packages("rgdal", repos = NULL, type="source")，关闭并重新打开 RStudio。
• 如果所有这些都不起作用，最后一个选择是尝试 install.packages("rgdal", repos="https://mac.R-project.org")，关闭并重新打开 RStudio，希望能够成功地运行 library(rgdal)。

希望这些注释对其他遇到此问题的人有所帮助！

- stevec

Answer 3

我通过更新和升级我的系统来解决这个问题。

sudo apt update & sudo apt upgrade

- Elite

Answer 4

这对我有用：

remove.packages("rgdal")
install.packages("rgdal")
library(rgdal)

- SophiaL

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这对我有效，但是在安装后需要关闭和重新打开Rstudio。 - A. Bollans