我有一个PDB文件'1abz'(https://files.rcsb.org/view/1ABZ.pdb),其中包含蛋白质结构的坐标。请忽略头部注释行,有趣的信息从第276行开始,该行为“MODEL 1”。
我想要从pdb文件中单独获取X、Y或Z坐标。
此链接解释了pdb文件的列号:http://cupnet.net/pdb-format/ 这是我的代码,但我收到了错误消息。
我想要从pdb文件中单独获取X、Y或Z坐标。
此链接解释了pdb文件的列号:http://cupnet.net/pdb-format/ 这是我的代码,但我收到了错误消息。
from Bio import PDB
parser = PDB.PDBParser()
io = PDB.PDBIO()
struct = parser.get_structure('1abz','1abz.pdb')
for model in struct:
for chain in model:
for residue in chain:
for atom in residue:
XYZ = atom.get_coord()
for line in XYZ:
x_coord = float(line[30:38].strip())
y_coord = float(line[38:46].strip())
z_coord = float(line[46:54].strip())
print x_coord
print y_coord
print z_coord
line[30:38]
将由BioPython完成并写入x坐标。 - Maximilian Peters