我希望为用户提供方便的方式来定义输入文件。为此，我在Markdown中使用参数功能。如果我“使用参数编织”，则会要求输入文件。
有没有办法检索文件名？因为我在Markdown中创建了一些不同的文件，并且我想使用输入文件的文件名作为前缀。到目前为止，文件被上传到临时目录中，原始文件名已经丢失。
如何通过下拉菜单获取文件名和位置并插入到我的Markdown文档中？我不希望用户手动编写路径和文件名。
---
title: "Untitled"
date: "11/16/2021"
output: html_document
params:
date_file:
label: "date file"
value: 'dates.tsv'
input: file
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
## R Markdown
Filename: `r params$date_file`
你可以通过嵌入Shiny应用程序，让用户在渲染文档中选择文件。但需要注意的是，涉及到用户选择依赖项的所有表达式都必须包裹在reactive()中。如果你想教授R语言的话，这显然并不理想，但如果有帮助或激发更好的解答，以下是一个例子：
## Create a TSV file for testing
cat("x\ty\n1\t2\n3\t4\n", file = "test.tsv")
---
title: "Untitled"
output: html_document
runtime: shiny
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
Users can select a file by interacting with an embedded Shiny application.
```{r ui, echo=FALSE}
inputPanel(
fileInput("file", label = "Select a TSV file:", accept = ".tsv")
)
```
User input is stored in a named list-like object `input`,
but this object can only be accessed inside of a _reactive context_.
```{r test1, error=TRUE}
input$file$name
## Name of file selected by user ... _not_ an absolute or relative path
fn <- reactive(input$file$name)
fn
## Absolute path of temporary copy of file
dp <- reactive(input$file$datapath)
dp
```
Don't be misled by how `fn` and `dp` are printed. They are not
strings, but _reactive expressions_. As as a result, they, too,
must be handled inside of a reactive context.
```{r test2}
class(fn)
reactive(class(fn()))
```
Some more examples:
```{r test3, error=TRUE}
## Define reactive data
dd <- reactive(read.table(file = dp(), sep = "\t", header = TRUE))
## Do stuff with it
reactive(names(dd()))
reactive(nrow(dd()))
## Write object to file in _working directory_
reactive(saveRDS(dd(), file = sub("tsv$", "rds", fn())))
```
input$file$name 只保留绝对路径中最后一个路径分隔符后面的部分。如果您将文件保存到您的工作目录（我认为这是一个好习惯，因为用户不会期望在他们的系统其他地方创建文件），那么没有绝对路径也没关系。 - Mikael Jagan.Rmd文件。我错误地将input$file$name传递给read.table，而应该传递input$file$datapath。 - Mikael JaganminiUI中的专门UI元素。作为迷你应用程序，您可以做很多事情，但这是一个基本实现。library(shiny)
library(miniUI)
get_file_param <- function(){
ui <- miniPage(
miniContentPanel(
fileInput("dateFile", "Date File")
# ...Other UI elements to collect other parameters...
),
miniTitleBar(
NULL,
right = miniButtonBlock(
miniTitleBarCancelButton(),
miniTitleBarButton("done", "Done", primary = TRUE))
)
)
server <- function(input, output, session){
# Handle the Done button being pressed
observeEvent(input$done, {
# Return the full file info data.frame. See ?shiny::fileInput
stopApp(input$dateFile)
})
}
runGadget(
app = ui,
server = server,
viewer = paneViewer() #dialogViewer("Knit with Parameters - Custom UI")
)
}
knit函数将调用小工具，然后在调用rmarkdown::render时使用其输出
knit_with_file <- function(input, ...){
fileInfo <- get_file_param()
rmarkdown::render(
input,
params = list(
date_file = list(name = fileInfo$name, datapath = fileInfo$datapath)
),
envir = globalenv()
)
}
knit字段提供一个函数。R Markdown Cookbook建议您将其放入软件包中，但我将上述两个函数都放在文件（“knitFx.R”）中，rmarkdown文档将从中获取源代码。---
title: "Untitled"
date: "11/16/2021"
output: html_document
params:
date_file: 'dates.tsv'
knit: (function(input, ...) {
source("knitFx.R")
knit_with_file(input, ...)
})
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
## R Markdown
**Original Name of Uploaded File**: *`r params$date_file$name`*
**Local Temp File Path**: *`r params$date_file$datapath`*
name和datapath将可用于在rmarkdown文档中使用。
date_file的默认值是字符串，而期望的值是列表。如果默认值实际使用，可能会导致问题。YAML头中的该字段是否可以被简单地删除？ - Mikael Jaganrmarkdown::render将会把它的params参数与之匹配。相反，你可以提供一个列表作为默认值。类似于date_file: !r list(name = 'dates.tsv', datapath = './dates.tsv')。 - Marcus
rmarkdown::render。这意味着你不能从自己的会话中使用debug进入函数调用。如果你在这里找不到满意的答案，那么在他们的GitHub上提出问题可能是值得的，或者在他们的GitHub上说要提出问题的地方。 - Mikael Jagan