将参数传递给R Markdown

Question

我试图根据以下教程在R Markdown中创建参数化报告：http://rmarkdown.rstudio.com/developer_parameterized_reports.html#passing-parameters

我正在尝试使用render从r控制台传递文件路径作为参数。就像这样：

render('rmarkdownfile.rmd',params= list( client= "clientdata.csv"))

我的Markdown文件看起来像这样：

title: "Liquidity Report"
output: pdf_document
params: client:"clientdata.csv"
---
```{r plot, echo=FALSE, warning=FALSE}
cftest <- read.csv(params$client)

但是我收到了一个错误，它说：

read.table（file=file, header=header, sep=sep, quote=quote,）中的错误：'file'必须是字符字符串或连接。调用：

看起来 Markdown 没有识别参数，尽管我按照教程的步骤进行操作。是否有人能够成功地在 R Markdown 中使用参数？

另外，我正在遵循教程的建议，并使用 R Studio 预览以及最新版本的 r markdown 和 knitr。

谢谢您的帮助！

Rafael

- Rafael Velásquez

Answer 1

我想要做的不只是在我的参数化报告中指定一个文件名，还要指定一个目录。

---
title: Liquidity Report
date: '`r strftime(Sys.time(), format = "%B %d, %Y")`'
output:
  pdf_document:
    number_sections: yes
    theme: cerulean
    toc: yes
    toc_depth: 2
params:
  directory:
    value: x
  file:
    value: x
---

```{r, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(
      echo    = FALSE
    , warning = FALSE
    , message = FALSE
)

## Pull in the data
dataset <- read.csv(file.path(params$directory, params$file))
```

然后在您的渲染函数中，您可以：

rmarkdown::render(
      input  = 'LiquidityReport.Rmd'
    , params = list(
          directory = '~/path/to/data'
        , file      = 'clientdata.csv'
        )
)

knitr 的文档可以提供更多信息：> ?knitr::knit_params

- Paul James

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谢谢！看起来是一个很好的方法。我会试一下。 - Rafael Velásquez

我想在同一份报告中使用所有文件：Rscript -e“rmarkdown :: render（'./testreport.Rmd'，params = list（directory ='/ PATHTO / geneticstuff /'， lqual ='finches_stats.lqual'， ldepth.mean ='finches_stats.ldepth.mean'， lmiss ='finches_stats.lmiss'， fq ='finches_stats.frq'， idepth ='finches_stats.idepth'， imiss ='finches_stats.imiss'））" - M. Beausoleil

好的！我想我明白了：参数： 目录： 值：x lqual： 值：x ldepth.mean： 值：x lmiss： 值：x fq： 值：x idepth： 值：x imiss： 值：x这些被放在不同的行上。因此，您可以将每个“文件”用作新的params$file放入R脚本中！ - M. Beausoleil

我建议将paste函数更改为file.path。 - M. Beausoleil

value: x 行是默认值。在这种情况下，我使用 x 来创建一个占位符，并确保呈现调用在没有有效的目录和文件路径的情况下失败。 - Paul James

Answer 2

在我的情况下，它起作用了，只需要更改头文件中的缩进和一些在我的文件夹中可用的名称... 在这里是我的 jnk.Rmd。

---
title: "Liquidity Report"
output: pdf_document
params: 
  client: "NAMESPACE"
---
```{r plot, echo=FALSE, warning=FALSE}
cftest <- read.csv(params$client)
```

这是我在控制台中输入的命令：render('jnk.Rmd',params= list( client= "NAMESPACE"))

- drmariod

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这对我也很好用。顺便说一下，在YAML头中文件名周围不需要引号。@Rafael，你确定clientdata.csv文件与你的.Rmd文件在同一个目录下吗？ - Tutuchan

实际上，脚本抱怨变量的内容（必须是字符），而不是关于不存在的文件... - drmariod

非常感谢！那个完美地解决了问题。我在这方面还很新，没有想到缩进会有如此大的影响。 - Rafael Velásquez