在Sweave中使用legend()：这是一个错误吗？

Question

我现在正在学习Sweave以编写包vignette。我使用传统的R图形。奇怪的是，当我Sweave文件时，我添加到高级图形中的图例在其他方面运行良好时不起作用。以下是一个最小示例：

 \documentclass{article}
 \begin{document}
 <<fig=TRUE>>=
 plot(0.5, 0.5, xlim = c(0,1), ylim = c(0,1))
 legend("bottomright", c("data", "summary", "curve", "conf. region"), 
      pch = c(2,1,NA,NA), lwd = c(NA,NA, 2,1))
 @
 \end{document}

R 代码运行后（R 版本为 2.15），会生成一个单独的点和包含两个点和两种不同类型线的图例： 但是，在 sweave 中无法生成图例，只能看到一个空框： 这是 Sweave 的一个错误吗？还是我忽略了什么？

- Philipp

---

我猜这应该向 R 核心报告：https://bugs.r-project.org/ - Yihui Xie

好的！我会将此提交为错误报告。 - Philipp

Answer 1

问题

这似乎是一个bug，但它是与pdf()有关，而不是与Sweave()本身有关。

为了理解我的意思，请尝试调用pdf()。 它会产生与上面显示的相同的有缺陷的图：

pdf("pdfPlot.pdf")
    plot(0.5, 0.5, xlim = c(0,1), ylim = c(0,1))
    legend("bottomright", c("data", "summary", "curve", "conf. region"), 
         pch = c(2,1,NA,NA), lwd = c(NA,NA, 2,1))
dev.off()

相比之下，cairo_pdf() 生成的绘图效果非常好：

cairo_pdf("cairo_pdfPlot.pdf")
    plot(0.5, 0.5, xlim = c(0,1), ylim = c(0,1))
    legend("bottomright", c("data", "summary", "curve", "conf. region"), 
         pch = c(2,1,NA,NA), lwd = c(NA,NA, 2,1))
dev.off()

解决方案1：使用knitr。

如果您愿意切换到knitr，那么修复这个问题就很容易了。只需将dev="cairo_pdf"添加到您的代码块头部（如果您愿意，可以去掉fig=TRUE），像这样：

<<dev="cairo_pdf">>=
...
...
@

处理代码就像现在这样简单：在您当前调用Sweave("myScript.Rnw")的位置上执行library(knitr); knit("myScript.Rnw")。

解决方案2：构建自己的\includegraphics{}调用。

如果您必须坚持使用Sweave()，可以尝试以下方法来解决问题：

<<results=tex, term=FALSE, echo=FALSE>>=
cairo_pdf("myPlot.pdf", width=5)
    plot(0.5, 0.5, xlim = c(0,1), ylim = c(0,1))
    legend("bottomright", c("data", "summary", "curve", "conf. region"),
         pch = c(2,1,NA,NA), lwd = c(NA,NA, 2,1))
dev.off()
cat("\\includegraphics{myPlot.pdf}\n\n")
@

- Josh O'Brien

---

在 knitr 中，您不需要使用 fig=TRUE；除非您抑制它们，否则图形将始终生成。 - Yihui Xie

@Yihui -- 又一个不错的设计决策。谢谢。 （我已经修改了knitr绑定代码块，以便注意到这个区别。） - Josh O'Brien

更准确地说：这是一个错误（哎呀，PDF 是瑞普利领域，所以最好称其为“可能的不幸”），与在 pch 和 lwd 中使用 NA 有关。尝试使用非 NA 值，它可以工作，但我找不到一个能提供所需显示的解决方案。 - Dieter Menne