我遇到了许多其他人似乎也曾经遇到的rJava问题。当
输出建议运行
以下是我的
此外，我在Red-Hat上也遇到了相同的问题。我希望提供的任何修复措施也能在那里奏效，但如果不奏效并且为什么不奏效已知，请解释一下。
我已经使用这个网站令人难以置信的知识库几年了，但这是我第一篇帖子。提前感谢您的帮助。
一些（不是全部）我已经浏览过的资源是：
- https://stat.ethz.ch/pipermail/r-devel/2008-November/051224.html - https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2008-October/177688.html - R: rJava package install failing 请注意，最后一个链接中的
R CMD INSTALL测试JNI程序是否可以编译时，就会出现错误。输出建议运行
R CMD javareconf -ed或sudo R CMD javareconf。后者的输出是：computer: home$ sudo R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version : 1.6.0_31
Java home path : /System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home
Java compiler : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
Java library path:
JNI linker flags : -framework JavaVM
JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/include
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Done.
在之后尝试安装rJava时，
computer: home$ R CMD INSTALL ~/Downloads/rJava_0.9-4.tar.gz
* installing to library ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library’
* installing *source* package ‘rJava’ ...
checking for gcc... gcc -arch x86_64 -std=gnu99
checking for C compiler default output file name... a.out
/* Passes all checks */
configure: checking whether gcc -arch x86_64 -std=gnu99 supports static inline...yes
checking whether setjmp.h is POSIX.1 compatible... yes
checking whether sigsetjmp is declared... yes
checking whether siglongjmp is declared... yes
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver : '/usr/bin/jar'
compiler : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags : '-I/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home/include'
java libs : '-framework JavaVM'
checking whether JNI programs can be compiled... configure: error: Cannot compile a simple JNI program. See config.log for details.
Make sure you have Java Development Kit installed and correctly registered in R.
If in doubt, re-run "R CMD javareconf" as root.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/rJava’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/rJava’
一种替代尝试，其中/usr/bin/javac被替换为/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/CurrentJDK/Home，但仍然失败。
我正在运行Mac OS 10.7.3和
computer: home$ java -version
java version "1.6.0_31"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_31-b04-415-11M3646)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.6-b01-415, mixed mode)
以下是我的
.bash_profile文件中的内容。export JAVA_HOME=/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home
此外，我在Red-Hat上也遇到了相同的问题。我希望提供的任何修复措施也能在那里奏效，但如果不奏效并且为什么不奏效已知，请解释一下。
我已经使用这个网站令人难以置信的知识库几年了，但这是我第一篇帖子。提前感谢您的帮助。
一些（不是全部）我已经浏览过的资源是：
- https://stat.ethz.ch/pipermail/r-devel/2008-November/051224.html - https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2008-October/177688.html - R: rJava package install failing 请注意，最后一个链接中的
apt-get解决方案对我没有用处（我认为），除非有一个相应的port和/或yum解决方案。
.bash_profile中添加export JAVA_HOME=/etc/alternatives/java_sdk_openjdk，另外还需要执行sudo yum install R-devel.x86_64，然后执行sudo R CMD javareconf和R CMD INSTALL。 - artdv.bash_profile中设置的环境变量对于通过Finder或open启动的应用程序不可见。有两种解决方案：environment.plist 或 launchctl setenv。 - fotNeltonexport JAVA_HOME= /etc/alternatives/java_sdk_openjdk。由于某种原因，javac没有正确更新，因此请手动设置它：export JAVAC=/etc/alternatives/java_sdk_openjdk/bin/javac。您安装的路径可能会有所不同，但请确保它指向JDK而不是JRE。然后输入“R CMD javareconf -ed”，不需要使用“sudo”，但作为sudo运行（不要问我为什么这样可以，我自己也很困惑）。 - artdvexport JAVAC=/usr/bin/javac。我在os x上。 - fraxture