在 macOS Mavericks 10.9.5 上安装 xlsx 和 rJava

Question

我很难在我的 Mac 上安装 rjava。

我的设置：

MacOS 10.9.5
Java: 7u71 (64 bits dowloaded from Oracle site)
R: R version 3.1.1 (2014-07-10)

首先，在命令行中我运行了以下指令：

sudo R CMD javareconf

然后，我进入了R：

install.packages('rJava')

编译结束时出现的错误如下：

JavaVM -F/opt/local/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -llzma -lm -liconv -licuuc -licui18n
ld: library not found for -licuuc
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2
make: *** [jri] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’
* removing ‘/Users/costa/Library/R/3.1/library/rJava’

我尝试了Java 8和Mac默认的Java，但是都遇到了相同的错误。 有什么想法吗？

- Menthor

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我相信我必须安装雪豹版本，它可以正常工作。 - rawr

我尝试使用这个版本：http://support.apple.com/kb/dl1573 但是我无法安装（我的 Mac 是 10.9.5 版本）。 - Menthor

openxlsx 是一个不依赖于 Java 的好选择。https://github.com/cran/openxlsx - James

Answer 1

我使用macports R以root身份（sudo bash）执行了以下操作：

• edit /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf and change the line

  LIBS =  -llzma -lm -liconv -licuuc -licui18n
  

  to

  LIBS =  -llzma -lm -liconv
  

• install the original 1.6 Mac Java

• export JAVA_HOME=/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home

• run R CMD javareconf

现在您可以启动R并执行install.packages("rJava")。使用Java 1.6版本确保了RStudio也能加载rJava包。

如果您不打算使用RStudio，也可以使用Java 1.8版本。

- Detlef Engelbrecht

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只需要更改Makeconf文件中的标志，就可以为我工作！此外，您可能需要使用sudo运行R CMD javareconf。 - Jan Sila

Answer 2

我实际上可以通过使用Mac二进制文件在我的Macbook上安装rJava（运行OSX Yosemite和R版本3.2.3），而完全避免编辑我的环境。首先，在R中执行以下操作以安装rJava：

install.packages("rJava", type = "mac.binary")

可能与此无关，但出于某种原因，我在未安装xlsxjars依赖项之前无法安装xlsx。因此，请在R中执行以下操作：

install.packages(c("xlsxjars", "xlsx"))

通过这两个命令，在Mac上似乎可以成功安装xlsx！

- Dr. Arun

Answer 3

这对我起作用了：

sudo R CMD javareconf

然后，在R解释器中：

install.packages('rJava', type='source')
install.packages('xlsx', type='source')

- bsky

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我在这个阶段无法编译rJava：install.packages('rJava', type='source')。 - Johnny V

Answer 4

我在我的电脑上（Mac OS 10.9.5、Java 1.8.0_11、R 3.1.1）遇到了同样的错误。从Oracle安装最新的Java JDK（1.8.0_25）没有解决问题（尚未）。然而，在更新Java之后，安装R 3.1.2解决了我的问题。运行install.packages("rJava")后，这个命令可以工作：

> library("rJava")
> .jinit() # this starts the JVM
> s <- .jnew("java/lang/String", "Hello World!")
> .jcall(s,"I","length")
[1] 12

请注意，更新JDK与通过系统偏好设置访问的GUI Java控制面板中的Java版本是不同的。后者仅为Internet浏览器插件的JRE。

- Joqer

Answer 5

使用旧版的Java SE 6，我可以通过运行以下命令来编译rJava：

JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home \
JAVA_CPPFLAGS=-I/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.11.sdk/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/Current/Headers/ \
r CMD javareconf

- stephenhouser

Answer 6

我也遇到了同样的问题。我使用的是OS X Yosemite，最初是通过homebrew安装R的。

我执行了以下步骤来解决它：

1. 关闭所有R实例
2. 在我的终端shell中运行sudo R CMD javareconf

3. 从我的终端打开R并运行：

   install_packages("rJava")

   install_packages("xlsx")

- Ashwin Balamohan