将矩阵列表转换为数据框，其中行名称为列表名称。

Question

我有一个名为list1的矩阵列表，其结构如下：

$ENSLAFT00000000003
     start end
[1,]   360 360
[2,]   394 394

$ENSLAFT00000000011
     start end
[1,]    15  15

$ENSLAFT00000000020
     start end
[1,]    45  45

$ENSLAFT00000000023
     start end

$ENSLAFT00000000024
     start  end
[1,]    13   13
[2,]   369  369
[3,]   602  602
[4,]   775  775
[5,]   983  983
[6,]  1200 1200
[7,]  1491 1491

这个列表中有一些项目是空的，但我想将它转换为一个有两列的数据框，结构如下：

ID                         pos
ENSLAFT00000000003         360
ENSLAFT00000000003         394
ENSLAFT00000000011          15
ENSLAFT00000000020          45
ENSLAFT00000000024          13
ENSLAFT00000000024         369
ENSLAFT00000000024         602
ENSLAFT00000000024         775
ENSLAFT00000000024         983
ENSLAFT00000000024        1200
ENSLAFT00000000024        1491 

由于在初始列表中它是一个空矩阵，因此ENSLAFT00000000023在输出中被省略。

我可以使用以下方法获得所需的结构，但无法保留行名称身份：

as.data.frame(do.call(rbind, e)[,1])

但是我仍然缺少保留行名称的能力，这是必需的。

你有任何在R中执行此数据转换的建议吗？

最好的问候

- Emilio Mármol Sánchez

Answer 1

我们通过循环遍历list并将其stack到一个两列的数据框中来提取“start”元素。

out <- stack(lapply(lst1, \(x) {
          st <- x[,"start"]
          if(length(st) == 0) st <- NA_real_
          st
            }))[2:1]
names(out) <- c("ID", "pos")

- akrun

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你好@akrun，我有一个问题，\(x)是指“function(x)”吗？ - Alexis

@Alexis 是的，它是最近 R 版本中 base R 中的一种简洁选项。 - akrun

Answer 2

这是一个 tidyverse 的选项：

library(tidyverse)

map(list1, ~ select(as.data.frame(.x), start)) %>%
  enframe %>%
  unnest(value,keep_empty = TRUE)

输出

  name               start
  <chr>              <dbl>
1 ENSLAFT00000000003   360
2 ENSLAFT00000000003   360
3 ENSLAFT00000000011    15
4 ENSLAFT00000000023    NA

数据

list1 <- list(ENSLAFT00000000003 = structure(c(360, 360, 394, 394), .Dim = c(2L, 
2L), .Dimnames = list(NULL, c("start", "end"))), ENSLAFT00000000011 = structure(c(15, 
15), .Dim = 1:2, .Dimnames = list(NULL, c("start", "end"))), 
    ENSLAFT00000000023 = structure(logical(0), .Dim = c(0L, 2L
    ), .Dimnames = list(NULL, c("start", "end"))))

- AndrewGB

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我猜你需要将那些行数为0的元素改为NA。 - akrun

我的意思是 map(lst1, ~ .x[, "start"]) %>% enframe %>% unnest(value, keep_empty = TRUE)。 - akrun

Answer 3

另一种可能的解决方案是基于purrr::imap_dfr（我使用@AndrewGillreath-Brown的数据，感谢他）：

library(tidyverse)

imap_dfr(l, ~ bind_cols(ID = .y, pos = if (nrow(.x) == 0) NA else .x[,"start"]))

#> # A tibble: 4 × 2
#>   ID                   pos
#>   <chr>              <dbl>
#> 1 ENSLAFT00000000003   360
#> 2 ENSLAFT00000000003   360
#> 3 ENSLAFT00000000011    15
#> 4 ENSLAFT00000000023    NA

- PaulS