将数据框转换为列表

Question

我希望将R中的数据框转换为列表结构（虽然技术上数据框本身也是一个列表）。我有一个包含参考化合物及其作用于不同目标机制的数据框。例如，雌激素是一种雌激素受体激动剂。我想将数据框转换为列表，因为我已经厌倦了手动输入类似以下内容：

refchem$chemical_id[refchem$target=="AR" & refchem$mechanism=="Agonist"]

每次我需要访问特定参考化学品列表时，我更愿意按以下方式访问化学品:

refchem$AR$Agonist

我希望你能给出一个通用的答案，虽然我提供了一个简单的例子，但并不是所有目标都有所有机制。

使用循环非常容易实现：

example <- data.frame(target=rep(c("t1","t2","t3"),each=20),
                      mechan=rep(c("m1","m2"),each=10,3),
                      chems=paste0("chem",1:60))
oneoption <- list()
for(target in unique(example$target)){
  oneoption[[target]] <- list()
  for(mech in unique(example$mechan)){
    oneoption[[target]][[mech]] <- as.character(example$chems[ example$target==target & example$mechan==mech ])
  }
}

我在想是否有更聪明的方法来实现它。我尝试使用 lapply 进行尝试，但没有取得任何进展。

- dayne

Answer 1

使用split函数：

split(refchem, list(refchem$target, refchem$mechanism))

应该可以解决问题。

新的访问方式为refchem$AR.Agonist

- Señor O

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谢谢！这基本上是我在寻找的。有没有办法在不手动列出它们的情况下删除没有任何条目的因子？ - dayne

由于drop是逻辑值，您只需设置drop=TRUE，然后R就会为您执行。 - Señor O

Answer 2

如果您使用键控数据表，...

• 您仍将拥有所有数据的一个数据框（而不是可能嵌套的许多列表）；
• 您可能会发现在这些子集上进行迭代更加方便；并且
• 语法非常简洁：

要访问子集：

DT[.('AR','Agonist')] 

为每个组做一些事情，这些组将在结果中rbind在一起：

DT[,{do stuff},by=key(DT)]

与aggregate()类似，任何正确长度的向量列表都可以放入by中，而不仅仅是关键字。

最后，DT来自...

 require(data.table)
 DT <- data.table(refchem,key=c('target','mechanism'))

- Frank

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我一直在推迟学习data.table包的事情。现在可能是时候了。 - dayne

@dayne 我也曾经这样做了很长一段时间，但学习它是我在 R 中做出的最好决定。我曾经有一个函数，代码有 150 行，需要运行 5 分钟，现在只需要 15 秒就能运行，并且只占用了 25 行。 - Señor O

Answer 3

您可以使用 plyr 函数：

library(plyr)
dlply(example, .(target, mechan))

它有一个额外的优势，即使用函数来处理数据（上面隐含了identity）。

- mengeln