如何从R中向sed传递变量

Question

我有一个文件名，它是一个变量，代表我感兴趣的路径。在脚本结束时，我想对它进行一些sed清理操作，但我不知道如何将变量传递给它。这是我的代码：

library(gdata)
filename = file.choose()
mydata = read.xls(file.choose())
newdata <- subset(mydata[1:3])
filename=paste(filename,".bed")
write.table(newdata,filename,sep="\t",row.names=FALSE, col.names=FALSE)
system("sed -i '' 's/\"//g'" filename)

但我遇到了以下错误 -

Error: unexpected symbol in "system("sed -i '' 's/\"//g'" filename"

我确定这与某种“疯狂”有关，但我想不出来是什么。

（注：原文中的引号应为双引号）

- Sebastian Zeki

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如果我设置intern=TRUE，那么它会显示错误：Error in system("sed -i '' 's/"//g'", filename, intern = TRUE) : 'ignore.stdout' 必须是TRUE或FALSE，如果我设置了这个，它会询问关于ignore.sterr，然后是wait=TRUE或FALSE等等。 - Sebastian Zeki

尝试使用以下命令：system("sed -i '' 's/\\"//g'" filename) - Avinash Raj

我遇到了这个错误：在“system（”sed -i'' 's / \" //”中出现意外的'/' - Sebastian Zeki

尝试使用 system("sed -i '' 's~\\"~~g'" filename)，sed 命令周围的双引号是否必要？ - Avinash Raj

system 需要一个字符输入，在 R 中这意味着您必须将其包裹在 " 或 ' 中。你的问题归结为如何创建一个包含 ' 和 " 的字符串。(我不知道如何实现或是否可能实现。) 此外请注意，\ 需要用 \ 转义。 - Roland

Answer 1

尝试使用粘贴功能：

system(paste("sed -i '' 's/\"//g'",filename))

此外，当您将扩展名添加到filename时，您可能希望使用paste0而不是paste（或添加sep =“”参数），因为现在它会在文件名和扩展名之间添加一个空格。

filename=paste0(filename,".bed")

- NicE

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好的，已排序。谢谢NiCE。还要感谢你介绍了paste0给我，我的下一个问题是如何去掉那个空格。干杯！ - Sebastian Zeki