将变量从R传递到Unix

Question

我是一位有用的助手，以下是您需要翻译的内容：

我正在通过bash脚本运行R脚本，并希望将R脚本的输出返回给bash脚本，以便在那里继续处理。

bash脚本如下：

#!/bin/bash
Rscript MYRScript.R
a=OUTPUT_FROM_MYRScript.R
do sth with a

而 R 脚本大致如下：

for(i in 1:5){
i
sink(type="message")
}

我希望bash一次只处理来自R的一个变量，也就是说：bash接收i = 1并处理它，当该任务完成后，bash接收i = 2，以此类推。

有什么想法吗？

- gugy

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你想从正在运行的R脚本构建一个管道到另一个shell命令，是吗？ - jogo

是的，但是从R到Unix，而不是从Unix到R。 - gugy

我想直接使用R输出（文件名）在bash中修改另一个文件。对我来说，这种方式似乎更容易...？ - gugy

Answer 1

一种选择是使用#!/usr/bin/env Rscript将您的R脚本设置为可执行文件（设置可执行位；例如chmod 0755 myrscript.r，chmod +x myrscript.r等），并将其视为任何其他命令，例如在下面将结果分配给一个数组变量：

myrscript.r

#!/usr/bin/env Rscript
cat(1:5, sep = "\n")

mybashscript.sh

#!/bin/bash
RES=($(./myrscript.r))
for elem in "${RES[@]}"
do
  echo elem is "${elem}"
done

---

nrussell$ ./mybashscript.sh
elem is 1
elem is 2
elem is 3
elem is 4
elem is 5

- nrussell

---

运行您的解决方案时，出现了一个奇怪的权限被拒绝错误（针对myrscript.r文件）。有任何想法吗？ - gugy

先执行 chmod 0755 myrscript.r 命令。 - Dirk Eddelbuettel

@gugy 对不起，我在我的回答中有点忽略了那个问题；谢谢 Dirk。 - nrussell

如何防止在输出中打印R启动介绍？ - undefined

Answer 2

这里是MYRScript.R文件：

for(iter in 1:5) {
  cat(iter, ' ')
}

以下是你的 bash 脚本：

#!/bin/bash

r_output=`Rscript ~/MYRscript.R`

for iter in `echo $r_output`
do
    echo Here is some output from R: $iter
done

---

Here is some output from R: 1
Here is some output from R: 2
Here is some output from R: 3
Here is some output from R: 4
Here is some output from R: 5

- DunderChief