如何在R Notebook中同时获取控制台输出和绘图？

Question

在R Notebook中有一个函数可以生成许多图形并在控制台上打印摘要统计信息。 我希望能够将图形和控制台输出（即摘要统计信息）并排显示在HTML输出中。

这里是一个非常简单的例子：

---
title: "Example"
output: html_notebook
---


```{r}
mapply(FUN = function(.x) {
  plot(.x)
  summary(.x)
}, split(iris, iris$Species), SIMPLIFY = FALSE)
```

上面代码的输出如下：

正如您所看到的，图形是一个接一个地显示出来，控制台输出则位于中间至末尾。

期望的输出结果如下：

我查阅了以下SO主题但未成功：

• 如何使用knitr将两个数据框并排对齐？
• 在R Markdown中呈现HTML和数据框的双列报告

请注意，我真的想获取控制台输出，如果可能的话，我希望避免使用许多转换来获得一个grob或图片，因为有时我的实际输出没有相应的方法。 使用RMarkdown而不是R Notebook也可以。

- Paul

Answer 1

这并不完美。例如，我没有为屏幕大小添加处理程序，但我可以。不过，您需要让我知道您想要什么。

这使用了R Markdown中的Javascript。引擎是内置的。但是，我为您添加了代码以供检查（如果您选择）：names(knitr::knit_engines$get())。

此外，在setup块中，我添加了options(width = 75)。这将影响所有块输出。您可以更改此设置以使其成为特定于块的选项。但是，默认值为80，因此您可能不会注意到任何区别。我之所以这样做是因为对于三个组中的两个，Species换行到了下一行。但是，对于versicolor来说，情况就不同了。这是统一性强制执行的一部分。

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)

# confirm engine for 'js' (it was #37 for me)
names(knitr::knit_engines$get())

# set the output width for chunks' render
# this is to keep the summaries even (versicolor was doing its own thing)
options(width = 75)
library(tidyverse)
```

样式不是在一个块中。这个在设置和下一个块之间。

<style>
.setupCols {
  display:flex;
  flex-direction:row;
  width: 100%;
}
.setupCols p{
  display:flex;
  flex-direction: column;
  width: 45%;
}

.setupCols pre {
  display:flex;
  flex-direction: column;
  width: 55%
}
.setupCols pre code {
  font-size: 85%;
}
</style>

接下来是您的mapply调用之前和之后的一些代码。

<div class="setupCols">

```{r graphOne}
mapply(FUN = function(.x) {
  plot(.x)
  summary(.x)
}, split(iris, iris$Species), SIMPLIFY = FALSE)
```

</div>

在这个块之后的任何时间点，您将添加一个样式块。如果您希望它应用多次，请将此块移动到最后。如果您只希望它应用于块（我命名为）graphOne，则将其设置为下一个块。

```{r styler,results='asis',engine='js'}

// search for class and tags
elem = document.querySelector('div.setupCols > pre > code');
// remove hashtags
elem.innerHTML = elem.innerHTML.replace(/#{2}/g, '');
// add newlines between summaries
elem.innerHTML = elem.innerHTML.replace(/\s{9}\n/g, '<br /><br />')

```

如果你在内联运行这个代码块，你将不会得到任何输出。但是，当你使用 knit 命令时，你将会看到这个输出。

我也添加了一些文本在这里，但这是它的样子：

如果你想查看Javascript的运行情况，可以添加eval = F和knit。代码如下：

如果我漏掉了什么或者您有任何问题，请告诉我。

- Kat

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非常令人印象深刻！ - caldwellst

非常感谢您的回答，@Kat！我对HTML和Javascript不是很了解，所以我会花些时间研究您的代码，并尽快给您回复。 - Paul

非常好的想法！它有效并且不需要在函数内部使用难以阅读的代码来解决问题。顺便提一下，这需要放弃 R 笔记本格式。 - Paul

哇！真不敢相信我错过了那个。你会在RMarkdown中使用它作为笔记本，还是nb.html，或者两者都用？我想我可以做到以上所有的事情。我从未尝试过，所以不能确定。 - Kat

我喜欢Notebook (.nb.html)的功能，可以获得易于打开和共享的文件，但在这里并不是绝对必要的。如果您有一个即插即用的答案，我会很感激，但请不要花太多时间;) - Paul

Answer 2

高效但不精确

对于这个示例设置，我建议使用pandoc语法拆分操作，以便轻松地将它们并排放置在多列中。通过这种方式，我们可以只调用我们想要的具体内容。

---
title: "R Notebook"
output:
  html_document:
---

```{r, echo = F}
il <- split(iris, iris$Species)
```

:::: {.columns}

::: {.column width="60%"}
```{r, echo = F, results = F}
lapply(il, plot)
```
:::

::: {.column width="40%"}
```{r, echo = F}
lapply(il, summary)
```
:::

::::

这将产生如下输出：

效率低，但精确

然而，我理解您可能需要完全按照所述的结果。我不知道如何在单个调用中分割控制台输出和图形。我们可以操作RMarkdown输出，使其看起来像它们来自单个调用。请注意，这是低效的，并且我建议将生成图形和摘要输出的函数拆分为单独的函数使用，就像第一个示例一样。

---
title: "R Notebook"
output:
  html_document:
---

```{r, results = F, fig.show = "hide"}
mapply(FUN = function(.x) {
  plot(.x)
  summary(.x)
}, split(iris, iris$Species), SIMPLIFY = FALSE)
```

:::: {.columns}

::: {.column width="60%"}
```{r, echo = F, results = F}
mapply(FUN = function(.x) {
  plot(.x)
  summary(.x)
}, split(iris, iris$Species), SIMPLIFY = FALSE)
```
:::

::: {.column width="40%"}
```{r, echo = F, fig.show = "hide"}
mapply(FUN = function(.x) {
  plot(.x)
  summary(.x)
}, split(iris, iris$Species), SIMPLIFY = FALSE)
```
:::

::::

结果看起来非常接近你想要的输出： 我们只需运行相同的函数（假设是你提到的那个函数），在第一种情况下隐藏图形和文本输出，但保留代码，然后将图形仅放置在左列中，而只将文本输出放置在右列中。

希望这能有所帮助。

- caldwellst

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非常感谢您的回答，让我能够在没有HTML知识的情况下轻松地使其工作！ - Paul

也许可以使用 sink() 或 capture.output() 来中断控制台输出。 - Paul

请查看我的答案，它采用了很多你的想法，如果你觉得这可能是一个很好的补充，我建议作为一次编辑。 - Paul

Answer 3

@Kat的答案非常高效，如果你具备足够的HTML和Javascript知识，似乎这应该是正确的方式。然而，我并不具备足够的知识，所以目前我仍然使用内置的knitr功能。

我想将它作为一个编辑建议提交给@caldwellst的答案，但它告诉我"编辑队列已满"。因此，这里有一个来自他提出的想法和R markdown cookbook - 第16.4节的链接。

原则上，在mapply(FUN = )内部调用另一个.Rmd文件中的另一个Rmarkdown脚本或元素构成的向量。 通过这样做，R笔记本被丢失，创建了"经典"的.Rmd文件，无法查看其下方块的输出。实际上，如果您尝试运行这个块，它会发送以下错误：Error in setwd(opts_knit$get("output.dir")) : character argument expected。然而，如果单击knit，它会生成一个HTML文件。

这是.Rmd文件的内容：

---
title: "Example"
output:
  html_document
---

```{r, echo=FALSE, results='asis'}
out <- mapply(function(x) {
  knitr::knit_child(text = c(
    '',
    ':::: {.columns}',
    '',
    '::: {.column width="40%"}',
    '```{r}',
    'plot(x)',
    '```',
    ':::',
    '',
    '::: {.column width="60%"}',
    '```{r}',
    'summary(x)',
    '```',
    ':::',
    '',
    '::::'
  ), envir = environment(), quiet = TRUE)
}, split(iris, iris$Species), SIMPLIFY = TRUE)

cat(unlist(out), sep = '\n')
```

输出结果如下：

但是，这种方法对我来说似乎很“hacky”，为text参数编写c()向量容易出错。

- Paul