用R语言将一系列情节制作成电影

Question

有没有一种简单的方法在R语言中将多个图表拼接成一个“电影”？

- Ryan R. Rosario

Answer 1

我找到了一个使用R帮助的方法：

创建单独的图像框架：

jpeg("/tmp/foo%02d.jpg")
for (i in 1:5) {
  my.plot(i)
}
dev.off()

要制作电影，首先要安装ImageMagick。 然后调用以下函数（该函数调用 ImageMagick 的“convert”命令）：

make.mov <- function(){
     unlink("plot.mpg")
     system("convert -delay 0.5 plot*.jpg plot.mpg")
}

或者尝试使用本文章中描述的ffmpeg函数（我发现这会给出更干净的结果）：

ffmpeg -r 25 -qscale 2 -i tmp/foo%02d.jpg output.mp4

可能需要一些调整，但是在安装了所有必要组件后，这看起来相当简单。

当然，你可以根据自己的喜好将任何“jpg”或“jpeg”替换为GIF或PNG。

- Ryan R. Rosario

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你甚至可以将jpeg()和dev.off()放在循环外面 - 如果你使用一个适当的文件名，例如 jpeg("/tmp/foo%02d.png")，R将在循环期间自动创建新文件，无需计算文件名。这使得操作更加简单。 - Dirk Eddelbuettel

你应该采纳 Dirk 的修复建议，然后接受你自己的答案。这是一个好的解决方案。 - JD Long

你觉得函数'make.mov'在R中运行后，很有用...但是很难理解.mp4文件保存在哪里？我正在Mac平台上的R Studio中工作。 - ToNoY

当我运行 system("convert -delay 80 *.png example_1.gif") 时，出现了错误 Invalid Parameter - 80。我指定了 `ani.options( convert = shQuote('C:/Program Files/ImageMagick-7.0.5-Q16/convert.exe')

convert = shQuote('C:/Windows/System32/convert.exe')

)`。有什么想法吗？ - quant

文章链接已经不存在。 - Mark

@quant 使用 shell(cmd="convert -delay 80 *.png example_1.gif") - jjunju

Answer 2

请看由谢益辉创建的animation包或生物信息学R软件包EBImage的（?animate）功能。

- Paolo

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有趣的一点是，我刚刚在看animation软件包的文档，并注意到它需要安装ImageMagick。 - cranberry

Answer 3

我认为你也可以使用caTools库中的write.gif函数来完成此操作。你需要先将你的图形转换成多帧图像。我不确定如何做到这一点。有人知道吗？

动画GIF的经典示例是这个代码，我没有编写，但我之前博客过：

library(fields) # for tim.colors
library(caTools) # for write.gif
m = 400 # grid size
C = complex( real=rep(seq(-1.8,0.6, length.out=m), each=m ), imag=rep(seq(-1.2,1.2, length.out=m), m ) )
C = matrix(C,m,m)

Z = 0
X = array(0, c(m,m,20))
for (k in 1:20) {
Z = Z^2+C
X[,,k] = exp(-abs(Z))
}

image(X[,,k], col=tim.colors(256)) # show final image in R
write.gif(X, 'Mandelbrot.gif', col=tim.colors(256), delay=100)

代码版权归Jarek Tuszynski博士所有。

- JD Long

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我在最后一行遇到了一个错误：“Error: unexpected input in "write.gif(X, “"”。 - Nova

针对上述错误 - 更改代码最后一行中 Mandelbrot.gif 周围的引号为普通引号（即删除它们并在脚本中键入新的引号）。 - CCID

Answer 4

如果您将R脚本包含在更大的Perl/Python等脚本中，您可以使用喜爱的命令行图像拼接工具将图形拼接在一起。

要使用包装器脚本运行您的R脚本，请使用R CMD BATCH方法。

- Alex Reynolds

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为什么需要另一种语言来使用命令行工具？ - hadley

那么，什么情况下需要使用Perl/Python脚本呢？此外，可以考虑使用Rscript（和littler）作为“R CMD BATCH”的更好替代品。 - Dirk Eddelbuettel

您不需要另一种语言。您可以使用像bash这样的shell。任何您想要的。有很多选择。我使用R CMD BATCH，因为它在各个平台上都是通用的。 - Alex Reynolds

我发现一旦安装了ImageMagick和ffmpeg，这就相当容易了。 - Ryan R. Rosario

Answer 5

这是一个完整的示例，演示如何从HDF5文件中制作动画GIF“电影”。数据应该是一个三维数组[Nframes][Nrows][Ncolumns]的HDF数据集。

#
# be sure to be run as Administrator to install new packages
#
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rhdf5")
install.packages('caTools')
install.packages('fields')

library(caTools)
library(fields)
library(rhdf5)

x = h5read(file="mydata.h5",name="/Images")
write.gif(x,"movie1.gif",col=rainbow,delay=10,flip=TRUE)

- Mark Lakata

Answer 6

我不确定在R中是否可能。我曾经做过一个项目，将来自R的数据点导出到MySQL数据库中，然后Flex/Flash应用程序接收这些数据点并提供动画可视化效果。

- Sri

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不需要数据库。在循环中保存所有图片。然后使用命令行工具将它们拼接在一起，ImageMagick 是一个可能的选择。 - Dirk Eddelbuettel

是的，这是最简单的方法。我猜由于操作系统的模块化，除非使用特殊库编译R，否则无法在R内部执行此操作。 - Ryan R. Rosario

这是一个聪明的技巧，Srirangan。 许多年前我学到了当有人说“不可能”的时候，他们实际上是指“我不知道如何做到它”。 这个技巧的巧妙之处在于，在如 Stack Overflow 这样的论坛中，总会有人告诉你如何去做。 顺便说一下，我并不是在挖苦，我真的认为这是一个很好的技巧，我打算试试看。谢谢 Srirangan。 - pavium

当然。但本质上来说，这和我说的一样。R无法做到这一点，你需要依赖外部应用程序来完成。我引用了我使用Flex/ActionScript的案例，Ryan建议使用ImageMagick，但最终你仍然依赖于外部应用程序。这就是我的观点。我从未声称我的方法是唯一的方式。;) - Sri

调用数据库和Flash是双重杀手！ - Rodrigo

Answer 7

我使用免费的图形浏览器XNview的创建幻灯片功能做了一些电影。 我想通过时空数据显示趋势，因此我只是创建了一系列情节，并按顺序命名[paste()是所有命名风格的好朋友]，然后将它们加载到 XNviews 幻灯片对话框中并设置了一些计时器变量，就这样。 学会如何做和生成一些可执行的图形只需要大约5分钟。

- kpierce8