使用 depmixS4 在 R 中评估已拟合模型的序列

Question

如果我使用depmixS4包中的depmix()和fit()拟合了模型mf，并且想知道生成给定序列s的对数似然度，应该怎么做？

我知道在HiddenMarkov包中，我可以使用forwardback(s, mf$Pi, mf$...)$LL来获取对数似然度，但我发现depmixS4中的forwardbackward()函数并不相同。

- Lytze

Answer 1

最终我自己找到了方法，因为第一次使用S4...

首先使用depmix()初始化一个模型（depmix obj），然后使用setpars()将拟合的mf中的参数更新到模型中。之后forwardbackward()就可以工作了。

init_mod <- depmix(respones, data, nstates) ## no solid value
mod <- setpars(init_mod, getpars(fm))
forwardbackward(mod)

---

如果有更好的解决方案，请告诉我...

- Lytze