如何在rmarkdown/knitr中按顺序输出部分（基于r）图形？

Question

如何在rmarkdown/knitr中按顺序输出部分（基于r）图形？

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假设我有以下的R Markdown代码：

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title: "Untitled"
author: "Author"
date: "04/12/2019"
output: ioslides_presentation
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## Slide title

```{r echo=FALSE}
plot(1:10, axes = FALSE, ty = "n")
axis(1)
## Next
axis(2)
## Next
points(1:10, 1:10)
```

在每个## Next点，我希望输出当前绘图的状态，以便逐步显示绘图的各个部分。我的最终目标是在一个ioslides演示文稿中创建连续的幻灯片，其中包含这些顺序绘图，所有内容都来自于上面的代码（但理想情况下，我不希望后面的代码影响前面的代码）。我希望它具有与我当前解决方法相同的效果：

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title: "Untitled"
author: "Author"
date: "04/12/2019"
output: ioslides_presentation
---

```{r setup, include=FALSE}

## Set up environment for running the code
env <- new.env()

## Source code to run, as a list of quotes

full_src <- list(
  quote({
    plot(1:10, axes = FALSE, ty = "n")
    axis(1)
    }),
  quote({
    axis(2)
    }),
  quote({
    points(1:10, 1:10)
    })
)

```

## Slide title

```{r echo=FALSE}
# Evaluate first set of lines
eval(full_src[[1]], envir = env)
# Reset environment so later code can't affect earlier code
rm(list = ls(envir = env), envir = env)
```

## Slide title

```{r echo=FALSE}
# Evaluate first and second set of lines
invisible(sapply(1:2, function(i) eval(full_src[[i]], envir = env)))
# Reset environment so later code can't affect earlier code
rm(list = ls(envir = env), envir = env)
```

## Slide title

```{r echo=FALSE}
# Evaluate all lines
invisible(sapply(1:3, function(i) eval(full_src[[i]], envir = env)))
```

输出的幻灯片如下所示：

但是，可以看出这很笨拙，并且不太通用。解决方案的重要特点是绘图的代码行尽可能靠在一起，只写一次；理想情况下，我只需使用块选项/钩就可以完成这个过程。

最好的答案将保留回显添加到图形中的新代码行（例如，在## Next标记之间的代码），同时产生到该点的整个图形。

如何实现这一点？

编辑：此外，我希望能够对绘图进行分组更改，而不仅仅是将所有更改输出到新绘图中，因此fig.keep无法使用。

- richarddmorey

在文档中，您可以设置块选项 fig.keep = 'all'，但如果您希望输出显示在不同的幻灯片上，则可能需要单独的代码块... - Gregor Thomas

问题在于 fig.keep 会给我四个图，而不是三个，因为它保留了所有的更改，而不仅仅是你想要的任意分组（已编辑以澄清此点）。 - richarddmorey

你看过类似问题的这个答案吗？由于该问题相当古老，所以我不知道它是否仍然相关。 - aosmith

2

非常好的问题！有更好的方法可以解决，但我刚刚发现了 knitr 中的一个错误。一旦我修复了这个错误，我会发布一个答案。 - Yihui Xie

2

“我刚刚发现了knitr中的一个bug。修复后，我会发布一个答案。” - 谢益辉 3小时前...看着答案，“3小时前回答-谢益辉”。那是超自然快速的错误修复，谢益辉！干得好！ - Gregor Thomas

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1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Yihui Xie · Accepted Answer

选项fig.keep可以接受数字向量以索引图形，因此您可以通过fig.keep = 2:4选择最后三个图形（或通过fig.keep = -1删除第一个图形）。

要在不同幻灯片上分组绘图，您可以动态添加幻灯片标题。您可以使用带有选项results = 'asis'的cat('\n\n## 标题\n\n')，或者使用knitr::asis_output()。

以下是完整示例：

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title: "Untitled"
author: "Author"
date: "04/12/2019"
output: ioslides_presentation
---

```{r, include=FALSE}
new_slide = function(title = '\n\n## Next\n\n') {
  knitr::asis_output(title)
}
```

## Slide title

```{r echo=FALSE, fig.keep=2:4}
plot(1:10, axes = FALSE, ty = "n")
axis(1)

new_slide()
axis(2)

new_slide()
points(1:10, 1:10)
```

注意，当前版本的knitr存在一个错误，我刚在Github上修复了它。目前你需要使用Github版本的knitr：

if (packageVersion('knitr') <= '1.26')
  remotes::install_github('yihui/knitr')