在Mac OSX终端上运行R

Question

在Mac OSX终端上运行R

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我在网上搜过，但还是不清楚如何从Mac终端运行R。我已经安装了Rstudio和独立的R应用程序。我以为只需要像使用“python”一样，在命令行中键入“R”，但这行不通。是需要编辑我的bash配置文件中的PATH吗？如果是，我该如何给出R的正确位置?

谢谢任何帮助。

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所以，我正在运行Sierra，当我在终端中输入“r”或“R”时，我得到“-bash：R：找不到命令”的提示。如果在终端中键入“which R”，我不会得到任何输出。

这是“echo $ PATH”的输出：/usr/local/heroku/bin:/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/bin:/Users/samuelcolon/anaconda/bin:/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin:/Users/samuelcolon/.rvm/gems/ruby-2.1.0/bin:/Users/samuelcolon/.rvm/gems/ruby-2.1.0@global/bin:/Users/samuelcolon/.rvm/rubies/ruby-2.1.0/bin:/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/Users/samuelcolon/.rvm/bin:/Users/samuelcolon/.rvm/bin

至于安装，我相信我一段时间前直接从cran.r-project.org下载了它。我可以在我的应用程序中找到GUI并打开它--我有3.13版本。可能，我只安装了R.app而没有安装R吗？也许这就是我在终端中键入“R”时得到“找不到命令”的原因？

通常我使用RStudio工作，但我仍然希望能够从终端访问R并找到其位置。如果重新安装R是最简单的方法，我也可以这样做。我希望额外的细节有所帮助，感谢回应。

- sjc725

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use Rscript yourscript.R - Vitalijs

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这取决于您安装它的位置/方式。如果您使用了 homebrew，那么它将是 /usr/local/bin/Rscript your script.R。 - Mark Setchell

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我可以在终端中使用r或R启动R，即大小写命令都可以工作。尝试which R。它返回什么？你是在Sierra下吗？我在升级到Sierra并升级R后遇到了一些R问题。 - user7843120

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你没有提供任何信息，使人们能够帮助你。在macOS上，R在应用程序和终端级别上都可以正常运行。你从哪里获取了R？你是如何安装它的？你的PATH是什么样子的？你是否查看了/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R中是否有它以及是否有一个符号链接到/usr/local/bin/R？RStudio可能已经找到了它（尽管你没有提到这个关键事实）。R在哪里呢？ - hrbrmstr

sjc725，我很想知道我发布的新答案是否有助于解决您的问题和疑问。您提供的额外信息确实有所帮助。谢谢。 - Cam_Aust

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6个回答

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首先，您需要启动终端应用程序。您可以使用内置的 Terminal.app，或者您可以使用 iTerm2 进行替代。我的最爱是 iTerm2。

https://www.iterm2.com

然后，您只需打开终端窗口并运行 R。就像下面所示：

享受 R 的乐趣吧！

- Oo.oO

不错！补充了长答案。 - Cam_Aust

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我认为这个问题是说无法在命令行中找到“R”，无论是Terminal还是iTerm。说“打开终端，然后键入R再按回车”不能解决这个问题。 - Paul

你看到了吗？人们发布答案后，问题进行了更新。与其对整个互联网进行贬低，不如添加一些解决问题的内容。 - Oo.oO

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在我的MacBook（MacOS BigSur）安装R-4.0.3.pkg时，遇到了同样的问题。可以打开R.app进入笨重的R GUI界面，但在终端中输入'R'无法工作。

原来，一个R可执行文件位于这里：/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/bin/R

因此，我将以下别名添加到新创建的.zshrc脚本中：

alias R '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/bin/R'

现在当我键入R时，它就会打开......我发誓在早期版本中所有这些都是无缝的。

- Dan H

我认为我们需要在 R 后面加上等号，即 alias R='/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/bin/R'。 - Cm7F7Bb

这绝对不是必要的，除非你的R安装或PATH出现了问题。相反，修复它而不是创建hacky解决方法，因为它会产生其他负面影响。 - Konrad Rudolph

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目前CRAN的R安装包存在一个错误，导致它不能正确地安装用于命令行使用的R和Rscript的符号链接。我通过检查他们4.0.5安装包中的postflight脚本来验证了这一点。这只影响20及以上版本的MacOS系统发布（您可以使用uname -r进行检查）。

我在此处提供了更多信息，以及“正确”的修复方法：手动创建指向/usr/local/bin的符号链接，这些符号链接指向R和Rscript二进制文件本身。如果当前的问题是这个，那么这将是一个比创建别名或以各种方式操纵PATH更好的解决方案，因为这是安装包打算做的事情（并且很快可能会再次实现）。 R: command not found 简而言之，如果这是问题的原因，则Ashkan Mirzaee的答案（https://dev59.com/glcP5IYBdhLWcg3wf54G#67202173）直接创建符号链接的形式是正确的，但可能没有正确的链接命令。相反，4.0.5软件包打算使用：

    mkdir -p /usr/local/bin
    cd /usr/local/bin
    rm -f R Rscript
    ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R .
    ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/Rscript .

- Yuri Broze

我刚刚从CRAN二进制包安装了R版本3.6.3，但符号链接没有自动创建。这个解决方案对我有用。 - Johann

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你可以从R和Rscript二进制文件创建符号链接到/usr/local/bin，以将它们添加到路径中：

sudo ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources/bin/R /usr/local/bin
sudo ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources/bin/Rscript /usr/local/bin

现在，which R 应该返回 /usr/local/bin/R，你就可以使用 R 了。

- Ashkan Mirzaee

这绝对不是必要的：安装 R（无论是通过官方软件包还是 Homebrew）都会自动生成这些链接。如果它们不存在，则表示您的安装已损坏，应该重新从头安装 R 而不是在其中进行操作。此外，您不应将硬编码版本链接到 /usr/local/bin。而是链接 Versions/Current 符号链接路径。 - Konrad Rudolph

官方软件包版本4.0.3不会创建链接。无论如何，如果链接/文件已经存在，则该命令不会强制创建链接并将被忽略。修复了硬编码版本。谢谢！ - Ashkan Mirzaee

我刚刚检查了一下：官方的 R 捆绑安装程序 4.0.3 在其后期构建步骤中确实创建了符号链接。如果没有创建，则表示您的系统存在某些问题。 - Konrad Rudolph

你卸载了之前的R并删除了/usr/local/bin/R和/usr/local/bin/Rscript吗？你可能还有旧版本的链接。 - Ashkan Mirzaee

不，我检查了安装捆绑器源代码。 - Konrad Rudolph

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在 macOS 上以管理员权限打开 RStudio 的简单方法：

进入应用程序，然后右键单击 RStudio
选择“显示包内容”
进入 Contents/MacOS
现在打开终端（在 bash 模式下）。输入 sudo 并将 RStudio.exec 拖到终端中，然后按 ENTER 键

现在，RStudio 将具有管理员访问权限！

- Sagar Singh

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- Cam_Aust · Accepted Answer

针对不熟悉终端和Bash的用户的答案。

为了回答你的问题，我从R.org cran网站进行了全新的更新安装。我发现这个最新版本3.4.0不仅可以在终端访问R，还会安装R.app作为包的一部分。

根据我的理解，阅读支持文档后得知，如果你有一个旧版本的R，则它将进行更新。但是，它不会更新由anaconda包安装的R。

R文件存储在哪里？

我只能假设在最新版本的R的全新安装中，R将在终端为您工作。

要了解正在访问的R文件存储在哪里 - 在启动R后的终端和R.app中，输入：

>R.home()

以我的情况为例：

在R.app中 - R版本3.4.0被访问位于顶级目录（而非我的用户文件夹）：

R.home()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources"

在终端中 - R版本3.3.2可以在Anaconda包中访问，再次位于顶级目录。

R.home()
[1] "/anaconda/lib/R"

我有两个不同版本的R，终端访问的版本与R.app不同。

我如何确保在Terminal中访问与R.app相同的版本？

对于熟悉bash和整个bash命令系统工作方式的人来说，我相信有一条构建良好的命令。但对于初学者，以下是一些简单的解决方案。

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• 第一个解决方案：

我可以更新anaconda版本，但我宁愿不这样做，因为anaconda软件包的其他元素可能依赖于这个较旧版本的R。对于尚未熟悉终端和bash的人来说，这并不是一个很简单的解决方案。

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• 第二个解决方案：

此解决方案来自mko。它提供了一种单次使用的解决方案。通过上面的结果，并进一步检查目录结构以找到此R文件。

找到相关的R文件后，可以编辑上述路径的扩展名以在R.app中添加/bin/R。

/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R

从这个版本开始，输入并按回车将启动R。

或者，在GUI Finder中找到该文件和图标（由上述结果引导），只需双击它，它将打开Terminal，并为您运行带有R的会话。很容易！

您还可以创建它的别名并将其放在桌面上以便于以后启动。

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• 第三种解决方案：

我认为我的最后一个解决方案是最好的，可以与mko的解决方案相加。创建一个别名。

在终端中进入我的主目录，使用nano文本编辑器打开.bash_profile。（如果您不知道如何执行此操作，则最好不要使用此解决方案。）

然后在此环境文件中添加该行。

alias Rv340='/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R'

我接着保存更改并退出终端会话。我接着打开一个新的终端窗口（这样env中的更改就可以在新的终端会话中生效）。

然后当我输入别名时：

Rv340

我想要的R版本已经打开。

你可以选择一个不同的别名来代替“Rv340”。

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• 第四种解决方案：

在终端中以更持久的方式打开相同版本的R的第二种方法如下。

复制R.app对R.home()命令的响应中显示的路径，并将该路径添加到您的.bash_profile中的PATH中。(如果您还不知道如何执行此操作，请忽略此解决方案。) 如下所示执行此操作。

export PATH="/Library/Frameworks/R.framework/Resources:$PATH"

据我所知，这确保了bash在此处查找R（和其他任何东西），然后继续查找PATH中的其他路径。由于这将此路径添加到$PATH的开头，这是一个环境变量，因此bash首先查找此处，发现较新的版本并停止查找。

在理解在.bash_profile中设置的env中的PATH时，以下两个链接很有帮助。关于PATH。如何正确地将路径添加到PATH中。这个解决方案可能会影响anaconda对R的调用。我还没有检查过这个问题。