h5 错误: "无法打开对象（对象'data'不存在）"

Question

我正在使用先前生成的3D .h5文件并取出一个2D切片。新的2D .h5文件看起来完整且符合预期，但是当我将其传递到一些建模软件（GPRMax）中时，出现错误KeyError：“无法打开对象（对象'data'不存在）”。以前的2D和3D .h5文件都很好，所以我不确定有什么不同。以下是用于生成.h5文件的代码。感谢任何帮助。

hf = h5py.File(dir_path+'\ModelMC0105\ModelA3d1_15102020_170900005701.h5', 'r')

dset = hf['data']

if os.path.exists(dir_path+'\ModelMC0105\ModelA3d1_15102020_170900005701-slice.h5'):
    os.remove(dir_path+'\ModelMC0105\ModelA3d1_15102020_170900005701-slice.h5')

hf2 = h5py.File(dir_path+'\ModelMC0105\ModelA3d1_15102020_170900005701-slice.h5','w')


dz_dy_dz = (0.001,0.001,0.001)
hf2.attrs['dx_dy_dz'] = dz_dy_dz

data = hf2.create_dataset("data", (100,1,100))

for i in range(100):
    data[i]=(dset[i,50,:])

data=data.ref
print(data)

hf2.close()
hf.close()

- MattC1990

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我正在尝试跟随你的代码。我的理解是：您在第二个HDF5文件中创建了一个形状为(100,1,100)和默认类型（float）的数据集。您读取的数据的形状是什么？ (dset [i，50，：]的形状？) 另外，在for语句之后，您是否打算重新定义data？ (data=data.ref) - kcw78

dest[i,50,:] 的形状是 (100,100,100)。我并没有打算重新定义数据，但这已经被删除了，并且会产生相同的错误。 - MattC1990

在您的 for 循环中，您设置了 data[i]=(dset[i,50,:])。所以如果我理解正确，您会得到 data[0]=(dset[0,50,0:100])，data[1]=(dset[1,50,0:100])。您确定您的切片大小匹配（从 dset 到 data）吗？ - kcw78

切片大小与一个平面的初始体积相匹配。我甚至可以在HDFview中查看切片，结果也符合预期，但我无法将其读回建模软件，可能是由于格式问题？ - MattC1990

很明显这些数据有所不同（显而易见）。我怀疑hf['data']和hf2['data']的形状存在问题。如果不知道hf['data']的形状，很难说。我写了一个简单的切片示例并发布为“答案”。也许它会有所帮助。顺便说一句，Gig' em Aggies! :-) - kcw78

Answer 1

请尝试使用绝对路径，这可能有效。

- yueqin huang

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这不是一个答案。请考虑留下评论。 - Tyler2P

我已尝试了绝对路径，但这并没有解决问题，不过还是谢谢你的建议。 - MattC1990

Answer 2

这里有一个示例，它在HDF5文件中创建了一个['data']数据集，然后关闭文件，再重新打开（只读），并将数据分片复制到第二个HDF5文件中。也许你会找到一些有用的东西。

with h5py.File('SO_64758047.h5','w') as h5w:
    arr = np.random.random(100*480*640).reshape(100,480,640)
    ds = h5w.create_dataset('data', data=arr)   
    
with h5py.File('SO_64758047.h5','r') as h5r:
    dset = h5r['data']

    with h5py.File('SO_64758047_2.h5','w') as h5w2:
        dz_dy_dz = (0.001,0.001,0.001)
        h5w2.attrs['dx_dy_dz'] = dz_dy_dz
        data = h5w2.create_dataset('data',(100,480,640))

        for i in range(h5r['data'].shape[0]):
            print('get slice#',str(i))
            data[i] = h5r['data'][i,:,:] 

- kcw78

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谢谢您的建议和示例，不幸的是这仍然会产生相同的错误。 - MattC1990