如何在Python中检查.h5文件

Question

在Python中，我如何查看给定的.h5文件具有哪些变量、数据集等内容？

我可以通过运行以下代码读取文件：

import h5py
f = h5py.File(filename, 'r')

我现在该如何查看我的.h5文件有哪些变量？

运行f.keys()会输出不具信息性的内容。

KeysView(<HDF5 file filename (mode r)>)

在Matlab中，我只需要调用h5disp（filename）函数，但是我想知道在Python中该如何做。

- gota

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你正在使用Python3吗？ - Dima Chubarov

是的 - gota

那么@Astrom提出的解决方案应该会有所帮助。 - Dima Chubarov

在Python3中，dictionary.keys()返回一个'KeysView'，需要使用list进行扩展（或可以直接在迭代中使用）。 - hpaulj

Answer 1

也许有些过度，但我有这个东西，对某些人可能会有用：

from __future__ import print_function

def scan_hdf5(path, recursive=True, tab_step=2):
    def scan_node(g, tabs=0):
        print(' ' * tabs, g.name)
        for k, v in g.items():
            if isinstance(v, h5.Dataset):
                print(' ' * tabs + ' ' * tab_step + ' -', v.name)
            elif isinstance(v, h5.Group) and recursive:
                scan_node(v, tabs=tabs + tab_step)
    with h5.File(path, 'r') as f:
        scan_node(f)

还有简单的输入：

>>> scan_hdf5('/tmp/dummy.h5')
/
   - /d1
   /g1
     - /g1/d2
     - /g1/d3
   /g2
     - /g2/d4
     /g2/g3
       - /g2/g3/d5

或者返回更加实用的元素的替代版本：

def scan_hdf52(path, recursive=True, tab_step=2):
    def scan_node(g, tabs=0):
        elems = []
        for k, v in g.items():
            if isinstance(v, h5.Dataset):
                elems.append(v.name)
            elif isinstance(v, h5.Group) and recursive:
                elems.append((v.name, scan_node(v, tabs=tabs + tab_step)))
        return elems
    with h5.File(path, 'r') as f:
        return scan_node(f)

带回报：

>>> scan_hdf5_2('/tmp/dummy.h5')
[u'/d1',
 (u'/g1', [u'/g1/d2', u'/g1/d3']),
 (u'/g2', [u'/g2/d4', (u'/g2/g3', [u'/g2/g3/d5'])])]

- Imanol Luengo

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太棒了，谢谢你的分享，帮我节省了大量时间！ - Nek0pi

NameError: name 'h5' is not defined - undefined

Answer 2

你试过了吗？

print(list(f.keys()))

这应该能够为您提供hdf5文件中所有组的信息。如果f是一个组，您也可以对数据集执行同样的操作。

- Astrom

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这是必需的，因为在Python3中，f.keys()返回一个迭代器，需要显式地扩展为列表。 - Dima Chubarov

它输出 '['#refs#', 'var1', 'var2', 'var3', 'var4']'，#refs# 是什么意思？ - gota

我建议查看“＃ref＃”内部以查看里面的内容。就我们所知，它是您的hdf5文件中的一个组，但是如果没有提供有关如何创建它的更多信息（可能您没有），则很难确定。 - Astrom

如果想要调试并获取键列表，以下代码同样适用：keys = [key for key in f.keys()] - Good Will

Answer 3

我在试图找到一种方法来显示h5文件中的每个节点，以便能够提取具有相应数据集的所需节点时，遇到了这个问题。

我认为这是一个非常简单但易于理解（对我来说）的片段：

h5 = h5py.File(filename, 'r')
def hierarchy(d):
    for item in d:
        if ' 0 member' in str(d[item]):
            print(d[item].name, ['empty group'])
        if isinstance(d[item], h5py.Group):
            hierarchy(d[item])
        else: #Dataset
            print(d[item].name, ['dataset'])
hierarchy(h5)

因此，我将在GUI应用程序中使用此功能，我将启用仅选择“数据集”标记的项目。

- A. Ahmed

Answer 4

这将以层次结构打印出H5文件中包含的组和数据集。

import h5py

def printGroup(group):
    for i in list(group. keys()):
        try:
            if list(group[i].keys()):
                print(f"{group.name}/{i}/")
                printGroup(group[i])
        except:
            print(group[i].name, group[i].dtype, group[i].shape)

print("\n\nData File Structure")
f = h5py.File('filePath.h5', 'r')
printGroup(f)

- Thedal