在Python中,我如何查看给定的.h5文件具有哪些变量、数据集等内容?
我可以通过运行以下代码读取文件:
import h5py
f = h5py.File(filename, 'r')
我现在该如何查看我的.h5文件有哪些变量?
运行f.keys()
会输出不具信息性的内容。
KeysView(<HDF5 file filename (mode r)>)
在Matlab中,我只需要调用h5disp(filename)函数,但是我想知道在Python中该如何做。
在Python中,我如何查看给定的.h5文件具有哪些变量、数据集等内容?
我可以通过运行以下代码读取文件:
import h5py
f = h5py.File(filename, 'r')
我现在该如何查看我的.h5文件有哪些变量?
运行f.keys()
会输出不具信息性的内容。
KeysView(<HDF5 file filename (mode r)>)
在Matlab中,我只需要调用h5disp(filename)函数,但是我想知道在Python中该如何做。
from __future__ import print_function
def scan_hdf5(path, recursive=True, tab_step=2):
def scan_node(g, tabs=0):
print(' ' * tabs, g.name)
for k, v in g.items():
if isinstance(v, h5.Dataset):
print(' ' * tabs + ' ' * tab_step + ' -', v.name)
elif isinstance(v, h5.Group) and recursive:
scan_node(v, tabs=tabs + tab_step)
with h5.File(path, 'r') as f:
scan_node(f)
还有简单的输入:
>>> scan_hdf5('/tmp/dummy.h5')
/
- /d1
/g1
- /g1/d2
- /g1/d3
/g2
- /g2/d4
/g2/g3
- /g2/g3/d5
或者返回更加实用的元素的替代版本:
def scan_hdf52(path, recursive=True, tab_step=2):
def scan_node(g, tabs=0):
elems = []
for k, v in g.items():
if isinstance(v, h5.Dataset):
elems.append(v.name)
elif isinstance(v, h5.Group) and recursive:
elems.append((v.name, scan_node(v, tabs=tabs + tab_step)))
return elems
with h5.File(path, 'r') as f:
return scan_node(f)
带回报:
>>> scan_hdf5_2('/tmp/dummy.h5')
[u'/d1',
(u'/g1', [u'/g1/d2', u'/g1/d3']),
(u'/g2', [u'/g2/d4', (u'/g2/g3', [u'/g2/g3/d5'])])]
NameError: name 'h5' is not defined
- undefined你试过了吗?
print(list(f.keys()))
这应该能够为您提供hdf5文件中所有组的信息。如果f是一个组,您也可以对数据集执行同样的操作。
keys = [key for key in f.keys()]
- Good Will我在试图找到一种方法来显示h5文件中的每个节点,以便能够提取具有相应数据集的所需节点时,遇到了这个问题。
我认为这是一个非常简单但易于理解(对我来说)的片段:
h5 = h5py.File(filename, 'r')
def hierarchy(d):
for item in d:
if ' 0 member' in str(d[item]):
print(d[item].name, ['empty group'])
if isinstance(d[item], h5py.Group):
hierarchy(d[item])
else: #Dataset
print(d[item].name, ['dataset'])
hierarchy(h5)
这将以层次结构打印出H5文件中包含的组和数据集。
import h5py
def printGroup(group):
for i in list(group. keys()):
try:
if list(group[i].keys()):
print(f"{group.name}/{i}/")
printGroup(group[i])
except:
print(group[i].name, group[i].dtype, group[i].shape)
print("\n\nData File Structure")
f = h5py.File('filePath.h5', 'r')
printGroup(f)
dictionary.keys()
返回一个'KeysView',需要使用list
进行扩展(或可以直接在迭代中使用)。 - hpaulj