在R中读取一个有向图

Question

我有困难阅读/创建有向图。我按照这里找到的步骤进行操作。

这是我的文本文件graph.txt:

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7 9
7 12
8 9
9 10
9 11
9 12
10 11
11 7
11 12

现在我正在阅读这个graph.txt文件:

library("igraph")
xlist<-read.graph("graph.txt", format="edgelist")

然后我绘制它：

plot(xlist)

但这不是我读到xlist中的图表：

正如您所看到的，1->2、1->3、5->10等之间没有边。我该如何正确地读取有向图？

完成后，我如何展示两个节点之间的所有最短路径？

- Tunc Jamgocyan

Answer 1

这对我来说似乎很正常:

 xlist<-read.table("graph.txt")
 xlist <- graph.data.frame(xlist)
 plot(xlist)

请注意，R会更改节点并将它们从零开始索引（如下@Sacha Epskamp在最近的igraph更新中评论）。 使用方法：

plot(xlist, vertex.label= V(xlist)$name)

您将看到您想要的名称，即1和2之间的边缘。

绘制最短路径的一种方法是使用get.all.shortest.paths，然后使用它来对子图进行子集化并覆盖绘制。请参见我在此问题的答案中类似的示例，其中我绘制了一棵生成树。

- user1317221_G

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请注意，R更改了节点并从零开始对它们进行索引。这在最近的igraph更新中已经被更改。 - Sacha Epskamp

Answer 2

错误的原因是边列表文件（即格式为“edgelist”）将顶点编号从零开始。即使最近的R igraph包将顶点编号从1开始，这在所有igraph版本中都是相同的。

这是因为我们希望R igraph在文件格式方面与Python igraph和C igraph保持一致。即Python igraph编写的文件（在本例中为边列表文件）由R igraph和Python igraph以相同的方式解释。基于零的编号是文件格式的属性。

如果您已经有一个从1开始编号顶点的边列表文件，则不是igraph edgelist文件格式，并且需要通过从每个顶点ID中减去1来进行转换。

一种解决方法是使用scan()或read.table()读取文件（如果您有大文件，则scan()速度更快），然后直接调用graph()。在这种情况下，您无需减去1，因为在R igraph中，顶点ID从1开始编号。

- Gabor Csardi