使用R在坐标系中绘制节点和边。

Question

我实现了FR测试，详情请参见这里，现在我想通过在R中可视化生成的最小生成树来测试它。应该在坐标系中绘制顶点和边。

此外，我希望为每个点设置颜色（取决于它属于哪个样本），并通过点的大小表达可能的第三维。

这是我目前为止得到的：

library(ggplot2)


nodes <- data.frame(cbind(c("A", "A", "A", "B", "B", "B"), c(1,2,3,8,2,1), c(6,3,1,4,5,6)))
edges <- data.frame(cbind(c("A", "A", "A"), c("A", "B", "B"), c(1,3,2), c(6,1,5), c(2,8,1), c(3,4,6)))


p <- ggplot() + 
    geom_point(nodes, aes(x=nodes[,2], y=nodes[,3])) +
    geom_line(edges)

p

- Matthias Munz

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我相信ggplot2可以做到，但你是否反对使用scream来完成这种任务的igraph呢？ - Tyler Rinker

Answer 1

我认为在这种情况下igraph是最好的选择...

nodes <- data.frame(a=c("A", "A", "A", "B", "B", "B"), b=c(1,2,3,8,2,1), 
d=c(6,3,1,4,5,6)) 
#cbind made your nodes characters so i have removed it here

edges <- data.frame(a=c("A", "A", "A"), b=c("A", "B", "B"), d=c(1,3,2), 
e=c(6,1,5), f=c(2,8,1), g=c(3,4,6))

以下是您所提供数据的示例，使用坐标布局系统coords生成颜色colouring。

library(igraph)

from <- c(rep(edges[,3],3),rep(edges[,4],2),edges[,5])
to <- c(edges[,4],edges[,5],edges[,6],edges[,5],edges[,6],edges[,6])
myedges <- data.frame(from,to)
actors <- data.frame(acts=c(1,2,3,4,5,6,8))
colouring <- sample(colours(), 7) 
sizes <- sample(15,7)
coords<-cbind(x=runif(7,0,1),y=runif(7,0,1))


myg <- graph.data.frame(myedges, vertices=actors, directed=FALSE)
V(myg)$colouring <- colouring
V(myg)$sizes <- sizes

plot(myg,vertex.color=V(myg)$colouring,vertex.size=V(myg)$sizes,
layout=coords,edge.color="#55555533")

为了绘制跨度，有许多选项可供选择，例如：

d <- c(1,2,3)

E(myg)$colouring <- "#55555533"
E(myg, path=d)$colouring <- "red"
V(myg)[ d ]$colouring <- "red"

plot(myg,vertex.color=V(myg)$colouring,vertex.size=V(myg)$sizes
,edge.width=3,layout=coords,edge.color=E(myg)$colouring )

使用轴:

plot(myg,vertex.color=V(myg)$colouring,vertex.size=V(myg)$sizes
,edge.width=3,layout=coords,edge.color=E(myg)$colouring, axes=TRUE )

并使用rescale=FALSE以保持原始轴比例

- user1317221_G

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谢谢您的回复。但是节点应该在一个带有可见坐标轴的坐标系中具有固定位置，而边缘应该是直线。 - Matthias Munz

坐标系可以是任何你想要的，我只是在示例中选择了随机数字。此外，对于轴，请参见 axes=TRUE。 - user1317221_G