如何使用R CMD BATCH禁止输出行号？

Question

如果我有一个 R 脚本：

print("hi")
commandArgs()

我使用以下方式运行它：

r CMD BATCH --slave --no-timing test.r output.txt

输出将包含：

[1] "hi"
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/exec/x86_64/R"
[2] "-f"                                                         
[3] "test.r"                                                     
[4] "--restore"                                                  
[5] "--save"                                                     
[6] "--no-readline"                                              
[7] "--slave"                                                    

如何禁止在输出中显示行号[1]..[7]，以便只显示脚本的输出结果？

- tommy chheng

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@aL3xa 如果你把它写成答案，我可能会投票支持。但是作为评论，我忽略了它——认为“cat与任何事情有什么关系？” :) - David J.

Answer 1

如果你想要在输出中抑制行号（[1]，[2]，...），请使用 cat 替代 print。

我认为你还将需要传递命令行参数。我认为最简单的方法是使用 RScript 的shebang创建一个文件：

例如，创建名为 args.r 的文件：

#!/usr/bin/env Rscript
args <- commandArgs(TRUE)
cat(args, sep = "\n")

让它可执行，使用 chmod +x args.r 命令，然后你可以用 ./args.r ARG1 ARG2 运行它。

顺便说一下，使用 R CMD BATCH ... 语法传递命令行参数很痛苦。这是如何做到的：R CMD BATCH "--args ARG1 ARG2" args.r 注意引号。更多讨论请参见这里。

更新：根据 @mbq 的评论（感谢！），将上面的 shebang 行从#!/usr/bin/Rscript 更改为 #!/usr/bin/env Rscript。

- David J.

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这个shebang不太幸运，因为在各种发行版（和32-64位版本）中，Rscript会跳跃文件系统。然而，env来拯救这一天，#!/usr/bin/env Rscript应该总是有效的。 - mbq

@mbq 虽然我的原始shebang不太幸运，但是你的评论很有帮助，所以谢谢你。 - David J.

Answer 2

是的，mbq是正确的 - 使用Rscript，或者如果你喜欢的话，使用littler：

$ cat /tmp/tommy.r 
#!/usr/bin/r

cat("hello world\n")
print(argv[])
$ /tmp/tommy.r a b c
hello world
[1] "a" "b" "c"
$

您可能需要查看CRAN包getopt和optparse，以进行参数解析，就像在其他脚本语言中一样。

- Dirk Eddelbuettel

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这个答案是误导性的。我认为问题不在于如何调用R脚本，而是使用cat而不是print来解决问题。 - David J.

Answer 3

使用 commandArgs(TRUE) 并用 Rscript 运行您的脚本。

编辑：好吧，我误读了您的问题。David是正确的。

- mbq

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在进行命令解析时，使用commandArgs(TRUE)是一个不错的技巧，但它并没有解决问题，即如何抑制"[1]"、"[2]"等。 - David J.

@DavidJames 是的，问题有误导性，因此回答如此。 - mbq

Answer 4

阻止Rscript在print输出中添加命令编号

默认情况下，R会将print(...)的输出前面添加命令编号，如下所示：

print("we get signal")

生成：

[1] "我们收到信号"

Rscript允许用户更改像print这样的函数的定义，因此默认情况下它符合我们的目的：

print = cat
print("we get signal")

生成：

我们收到信号

请注意，命令编号和双引号已经消失。

使用R的一级函数更好地控制打印：

my_print <- function(x, ...){ 
    #extra shenanigans for when the wind blows from the east on tuesdays, go here. 
    cat(x) 
} 
print = my_print 
print("we get signal") 

输出：

我们收到信号

如果你使用print作为一种简陋的调试工具... 我们不是在嘲笑你，我们是和你一起笑。

- Eric Leschinski