如何在R中使用ggplot添加“分组”标签？

Question

我使用ggplot在R中制作了一个热度图。 示例

# Libraries
library(tidyverse)

# Create data frame
df <- data.frame(test = rep(c("testA-01", "testA-02", "testA-03", "testB-01", "testB-02", "testB-03", "testC-01", "testC-02", "testC-03"),3), 
                 time = c( rep(0,9), rep(1, 9), rep(2, 9) ), 
                 score = sample(1:10, 27, replace = TRUE) )

# Create heatmap
ggplot(data = df, mapping = aes(x = time, y = test)) +
  geom_tile(mapping = aes(fill = score, width=0.9, height=0.9)) +
  scale_fill_gradientn(limits = c(1,10), colours=c("grey95", "grey40", "red"), na.value = "white" ) +
  scale_y_discrete(name = "Test", limits = c("testC-03", "testC-02", "testC-01", "testB-03", "testB-02", "testB-01", "testA-03",
                                                "testA-02", "testA-01")) +
  theme_classic()

这导致了以下的绘图结果：

我想将y轴上的标签捆绑在一起，以便我不必为每个测试重复三次“Test[letter]”。我可以手动完成它，但我想也许可以使用ggplot。解决方案的第一部分是从scale_y_discrete()的limits中删除“Test[letter]”部分。接下来，我想在y轴上垂直添加并按测试分组标签（最好用一条垂直线分组测试），就像这样：

期望结果：

在ggplot中是否可能实现这一点？如果可以，请告诉我如何实现。

- user213544

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这应该能帮助你入门：嵌套的x变量（年份在月份下方）使轴标签分为两行。 - Henrik

@Henrik 感谢您的建议，我已经能够弄清如何在每个轴上添加“两个标签”（作为下面的答案发布）。但是，我不确定如何添加一个垂直线到图形外部，以便按方面分组变量。有什么想法吗？ - user213544

好的图表！我明白你的请求，但你也可以考虑一个更简洁的替代方案，例如在面板之间创建一个微小的间隙，例如 panel.spacing = unit(0.1, "cm")（或者您认为在最终呈现的图表中看起来好的任何价值）。然后轴本身成为垂直线，多余的线可能是冗余的。但这只是我个人对数据墨水比的简洁方法。祝你好运！ - Henrik

Answer 1

一些数据框的重新排列可以简化绘图：

df <- data.frame(batch = c( rep("TestA",9), rep("TestB", 9), rep("TestC", 9) ), 
                 test = rep(c(1,2,3),9), 
                 time = rep(c(0,0,0,1,1,1,2,2,2),3), 
                 score = sample(1:10, 27, replace = TRUE) )

图表

使用 facet_grid() 函数可以对绘制的数据进行分面。结合 ggplot 的 annotation_custom() 和 coord_cartesian() 函数，可以添加“分组”线条。

library(tidyverse)
library(grid)

ggplot(data = df, mapping = aes(x = time, y = test)) +
geom_tile(mapping = aes(fill = score, width=0.9, height=0.9)) +
scale_fill_gradientn(limits = c(1,10), colours=c("grey95", "grey40", "red"), na.value = "white" ) +
theme_classic() +
scale_y_reverse() +
facet_grid(batch ~ ., space="free_x", scales="free_y", switch="y") +
theme(strip.placement = "outside",
      strip.background = element_rect(fill=NA,colour=NA),
      panel.spacing=unit(0,"cm"), axis.title.y = element_blank()) +
annotation_custom(grob = linesGrob(), xmin = -0.75, xmax = -0.75, ymin = -3.25, ymax = -0.75) +
coord_cartesian(clip="off") 

- user213544