从命令行安装R包

Question

我需要通过命令行构建可重复的R安装。看起来很容易，所以我创建了一个包含我感兴趣的软件包名称的文件，例如

packages.txt:

ggvis
glmnet
caret

一个名为installPkgs.R的R脚本：

f = read.csv('packages.txt', header=FALSE)
z = install.packages(f[,1], repos='https://cran.rstudio.com')   

然后，我应该能够从命令行运行此程序：

Rscript installPkgs.R

当我这么做时，包被下载但没有安装。我错过了什么？

- KirkD-CO

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你得到了什么输出？你可能忽略了一个特定的错误消息，它会中止安装。你是否安装了包的所有外部要求（这些不会自动安装）？ - Konrad Rudolph

输出显示正在下载软件包，然后一行说明“下载的二进制软件包位于 /var/folders/blahblahblah。此时，输出就会停止，没有其他任何输出。 - KirkD-CO

我还在install.packages()调用中添加了'dependencies = TRUE' - 结果相同。 - KirkD-CO

你确定这些包没有安装吗？当二进制包成功安装时，这是您通常收到的正常消息。由于它是二进制的，因此无需编译或花哨的安装过程。 - divibisan

是的。我特意寻找了尚未安装在我的系统上的软件包。我还在安装后添加了一个library(blah)行，确实出现了错误。如果我从R或从RStudio内部运行install.packages('blah')，它就可以正常工作。只是当我从Rscript调用时似乎不起作用。根据回复，我认为这个“应该”可以工作 - 这是正确的假设吗？ - KirkD-CO

Answer 1

回答自己的问题，以使答案明显且不淹没在注释中。

在我的代码中，软件包列表被解释为因子而不是字符字符串。因此，我需要在read.csv()函数中设置参数或全局参数stringsAsFactors = FALSE。

烦死了。

- KirkD-CO

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使用readr read_csv的另一个原因。虽然我认为R在最近的版本中将stringsAsFactors更改为默认为false。 - qwr

Answer 2

通过一个小改动，上述代码可以从命令行接受包名：

install.packages(commandArgs(trailingOnly = TRUE), repos='https://cran.rstudio.com')

因此，运行以下命令：

Rscript installPkgs.R "ggvis" "glmnet" "caret"

应该能够达到与上述相同的结果，而无需使用文本文件。

- Aidan Wood

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你好，欢迎来到Stackoverflow。通常，答案会尽可能考虑操作环境。你的解决方案虽然省去了文本文件（操作上下文），可能简化了提问者的生活，但直接忽略了stringsAsFactors作为错误的原因。不过，我也喜欢你的方法。 - Chris

Answer 3

另一种解决方案甚至不需要脚本文件 - Dockerfile等的好选择：

Rscript -e "install.packages(c('ggvis', 'glmnet', 'caret'), repos='https://cran.rstudio.com')"

- vboerchers