从命令行运行R脚本

Question

从命令行运行R脚本

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我想在Windows命令行中运行这个示例脚本：http://mazamascience.com/WorkingWithData/?p=912。所以我打开了命令行，输入了Rscript tryCatch.R 1。但是，我一直收到错误消息Error: R not found。我已经设置了PATH环境变量为C:\Programme\R\R-3.0.1\bin。如果我只输入R.exe，它确实启动了R，但是它找不到要在启动时加载的软件包（例如package 'utils' in options<"defaultPackages"> was not found）。我想我必须在某个地方设置另一个路径来加载库，但是我不知道在哪里设置。

更新：在显式键入PATH C:\Programme\R\R-3.0.1\bin（而不仅仅将其添加到环境变量PATH的值）之后，似乎可以找到R。然而，出现了一个新问题：In normalizePath<path.expand(path), winslash, mustWork>: path[2] = "C:/Programme/R/R-3.0.1/library": Access denied，与methods库相同。然后：Calls: .First ... library -> .getRequiredPackages2 -> library -> normalizePath Execution stopped。我使用Windows 7并拥有管理员权限。

- AnjaM

尝试使用 R CMD BATCH tryCatch.R 1。您可能需要更改脚本以接受命令行参数（如果需要，我将发布完整答案，但我想先知道这是否有效）。 - Simon O'Hanlon

@SimonO101 谢谢你的建议，但不幸的是我得到了相同的错误信息（错误：未找到R）。 - AnjaM

你可能想要查看 http://batchfiles.googlecode.com 。查看 R.bat。例如，R.bat script myscript.R，它是自动的，但需要一个相当标准的安装或者使用 RPathSet.bat 作为替代方案，这是一个灵活的批处理文件，在运行 R 之前编辑变量并运行它以设置环境变量。它附带有一份文档的 PDF 文件。 - G. Grothendieck

@G.Grothendieck 谢谢您的建议，我会看一下这个！ - AnjaM

3个回答

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我发现这是Windows 7上的一个语言特定问题，与此类似的问题在这里描述：https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2011-May/276932.html。将PATH更改为C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin后，脚本可以从命令提示符正确执行。感谢所有试图帮助的人！

- AnjaM

请注意，我们将PATH变量指向\bin文件夹，而不是直接定位.exe文件。谢谢！ - Julian Wise

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我在Windows 7下遇到了这个问题，显然，在设置环境变量>用户变量时，路径没有添加到PATH中，因此用户必须在系统变量>PATH中添加此路径，最后只需将路径添加到.EXE文件中，就可以解决问题了。

- not_an_expert

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可以查看英文原文，
原文链接

- agstudy · Accepted Answer

Rscript非常方便(R CMD BATCH是旧方法)，特别是在Windows下，但通常我会创建一个批处理文件来避免所有路径问题。

例如，创建名为launcher.bat的文件：

@echo off
C:
PATH C:\Programme\R\R-3.0.1\bin;%path%
cd PATH_TO_YOUR_RSCRIPT
Rscript tryCatch.R 1
pause

打开控制台（使用cmd），进入存储launcher.bat的位置并启动它。或者从R控制台使用shell：

shell('path_to_launcher\launcher.bat')