无法获得置信区间 ggplot R

Question

我正在努力获得关于回归线的置信区间。我的数据由7列和50000行组成。

ID H.FC HFD N.FC NFD Group
G00000000004    1.08403833300442    0.00209119205547622 1.12705351468201    0.0017652841766293  BvsA
    G00000000059    1.70298155378132    0.000146008455537281    1.78927991144484    0.000126476263754446    BvsA
    G00000000067    1.48885136450707    1.94192154467639e-05    1.49169658915702    5.47633140183071e-05    CvsA
    G00000000081    5.92680429312136    3.63075878342954e-06    5.89059544062979    7.07992913581687e-06    DvsA
    G00000000086    0.499795076715132   0.00265935106849242 0.542319766242586   0.00212335608196823 BvsC
    G00000000102    -2.60510733887004   0.000669953697126189    -2.62720386931755   0.000122899865824463    BvsA
    G00000000104    -2.80909148854584   0.00686396994798396 -2.94362698679174   0.00342818761913247 BvsA
    G00000000106    0.255264785072867   0.0388723342557597  0.174743590276556   0.197263787912382   BvsD
    G00000000109    1.32895814248434    0.000311378914835491    1.30541212379603    0.000308851884560488    EvsF

这是我的代码：

data <- read.table("grid_contrast_1-8.tsv", header=T)
df <- data.frame(data$H.FC, data$N.FC, data$Group)
png("grid_scatter.png")
ggplot(df, aes(data.H.FC, data.N.FC, color = data.H.FC)) + 
  geom_point(size = 0.5) +
  stat_smooth(geom = 'line', alpha = 0.5, se = TRUE, color = "black", level = 0.95) +
  facet_wrap(~ data.Group) +
  labs(x = "H", y = "F") +
  scale_color_gradient(low = "#0091ff", high = "#f0650e")
dev_off()

以下是我得到的内容： 我希望在回归线周围有置信区间带，如下所示： 由于我没有在stat_smooth中指定“se=FALSE”，所以应该会得到区间，但不知何故我没有得到它。请问有人可以帮忙吗？

非常感谢。

- utritala

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谢谢PoGibas。我试过了，它也不起作用。:( - utritala

尝试过这个但没有成功！ggplot(df, aes(data.H.FC, data.N.FC, color = data.H.FC)) +geom_point(size=0.5) +geom_smooth(se=TRUE,color="black",level=1-1e-10,method='lm',fill="green") +facet_wrap(~ data.Group)+labs(x="H",y="N",color="H")+scale_color_gradient(low = "#0091ff", high = "#f0650e") - utritala

请您提供可重现的例子以便其他人测试？ - ytu

数据集已上传至此处：https://drive.google.com/file/d/13tTqTfXHnK-lLim-EpAUdJL4Xpy6LlXu/view?usp=sharing - utritala

尝试绘制您点集的子集（随机10%）。 - pogibas

Answer 1

SE标签已经存在，只是很小！您有大量的观察数据，它们呈现出一个相当整齐的线性分布，因此看起来置信区间并不宽。我进行了一些更改以测试这一点。我仅对每个组的1％样本进行了抽样，并绘制了图表，以便置信区间不会太窄。我还将置信水平提高到0.999。由于观察数据较少，geom_smooth默认为LOESS；不确定您是否有特定的参数要求用于平滑曲线，但您可能需要更改方法及其参数。

library(tidyverse)
df <- read_tsv("~/Downloads/test_file.tsv") %>%
    select(2, 4, 6) %>%
    setNames(c("data.H.FC", "data.N.FC", "data.Group"))

set.seed(123)
df %>%
    group_by(data.Group) %>%
    sample_frac(0.01) %>%
    ggplot(aes(data.H.FC, data.N.FC, color = data.H.FC)) + 
    geom_point(size = 0.5) +
    stat_smooth(color = "black", size = 0.5, level = 0.999) +
    facet_wrap(~ data.Group) +
    labs(x = "H", y = "F") +
    scale_color_gradient(low = "#0091ff", high = "#f0650e")
#> `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'

现在你可以在角落处看到SE ribbon了。这不是你的代码问题，只是可见部分。

本文创建于2018-04-06，使用了reprex package (v0.2.0)。

- camille