正确的方法指向ATLAS/BLAS/LAPACK库用于numpy构建？

Question

正确的方法指向ATLAS/BLAS/LAPACK库用于numpy构建？

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我正在CentOS 6.5上构建源代码中的numpy，没有root权限（python -V=2.7.6）。我从git获取了最新的numpy源代码。但我无法让numpy承认atlas库。我已经：

ls -1 /usr/lib64/atlas

libatlas.so.3
libatlas.so.3.0
libcblas.so.3
libcblas.so.3.0
libclapack.so.3
libclapack.so.3.0
libf77blas.so.3
libf77blas.so.3.0
liblapack.so.3
liblapack.so.3.0
libptcblas.so.3
libptcblas.so.3.0
libptf77blas.so.3
libptf77blas.so.3.0

我不知道这些库是如何产生的，但我可以假设 atlas 构建速度比我能制作的任何标准 BLAS/LAPACK 构建速度都要快。

正确的方法是什么？我应该将 numpy 指向这些库吗？我需要设置每个对应路径的 ATLAS、BLAS 和 LAPACK 吗？还是我需要编辑一个 site.cfg 文件，将其包含类似以下内容：

[default]
library_dirs = /usr/lib64/atlas

[atlas]
library_dirs = /usr/lib64/atlas
atlas_libs = lapack, cblas, f77blas, atlas

我尝试了上述的各种变化，每次运行python setup.py config时，它告诉我无法在我指定的路径以及一些其他默认搜索路径中找到每个库。我已经将运行python setup.py config的结果与上面的site.cfg以及没有设置环境变量的情况粘贴在这里：http://pastebin.com/EL9CfaR7。任何帮助都将不胜感激。

- Matt Hancock

1个回答

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- Matt Hancock · Accepted Answer

好的，这个很简单，基本上就是按照安装指南进行操作。我想这更多是关于共享库后面编号的问题，而不是关于numpy或atlas的问题。无论如何，我只需要创建一些符号链接：

ln -s /usr/lib64/atlas/___.so.3.0 $HOME/local/lib/___.so

然后删除了site.cfg中的所有配置，并更新了我的.bashrc文件：

export ATLAS=$HOME/local/lib/libatlas.so
export BLAS=$HOME/local/lib/libptf77blas.so
export LAPACK=$HOME/local/lib/liblapack.so

运行python setup.py install后，一切就妥当了：

>>> import numpy.distutils.system_info as si
>>> si.get_info('atlas')
    ATLAS version 3.8.4 built by mockbuild on Wed Mar 21 01:43:44 GMT 2012:
   UNAME    : Linux c6b6.bsys.dev.centos.org 2.6.32-44.2.el6.x86_64 #1 SMP Wed Jul 21 12:48:32 EDT 2010 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
   INSTFLG  : -1 0 -a 1
   ARCHDEFS : -DATL_OS_Linux -DATL_ARCH_PII -DATL_CPUMHZ=2261 -DATL_SSE2 -DATL_SSE1 -DATL_USE64BITS -DATL_GAS_x8664
   F2CDEFS  : -DAdd_ -DF77_INTEGER=int -DStringSunStyle
   CACHEEDGE: 163840
   F77      : gfortran, version GNU Fortran (GCC) 4.4.6 20110731 (Red Hat 4.4.6-3)
   F77FLAGS : -fomit-frame-pointer -mfpmath=387 -O2 -falign-loops=4 -g -Wa,--noexecstack -fPIC -m64
   SMC      : gcc, version gcc (GCC) 4.4.6 20110731 (Red Hat 4.4.6-3)
   SMCFLAGS : -fomit-frame-pointer -mfpmath=387 -O2 -falign-loops=4 -g -Wa,--noexecstack -fPIC -m64
   SKC      : gcc, version gcc (GCC) 4.4.6 20110731 (Red Hat 4.4.6-3)
   SKCFLAGS : -fomit-frame-pointer -mfpmath=387 -O2 -falign-loops=4 -g -Wa,--noexecstack -fPIC -m64
{'libraries': ['lapack', 'f77blas', 'cblas', 'atlas'], 'library_dirs': ['~/local/lib'], 'define_macros': [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')], 'language': 'f77'}