sweave和ggplot2：完全没有生成pdf文件

Question

我试图创建一个包含使用ggplot2绘制的图形的Sweave报告。虽然我正在寻找长期的环境 - 这里我只是使用一个简单的.Rnw文件，其中只包含代码和绘图。

 \documentclass[a4paper]{article}
 \SweaveOpts{echo=FALSE}
 \usepackage{a4wide}

  \begin{document}

  \begin{figure}[htbp]
  \begin{center}
 <<>>=
 library(ggplot2)
 x=rnorm(100)
 qplot(x)

 @
 \caption{My Graph}
 \end{center}
  \end{figure}
\end{document}

很不幸，图表没有被创建成功，我只得到了一个损坏的 .pdf 和 .eps 文件。虽然我得到了一个看起来能正常工作但缺少图形的好 .tex 文件。

我使用以下基本代码来创建它：

 Sweave("myfile.Rnw")

我刚在网上找到一些旧帖子，讨论Sweave / ggplot2的透明度问题，但没有任何帮助。我也尝试了relaxed包，但也没有帮助。顺便问一下，decumar包有什么新消息吗？

- Matt Bannert

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Decumar在过去的几天里一直在进行大量开发，现在可能已经接近可以发布的点了。 - hadley

太棒了！这让我一整天都开心。我真的很期待测试它！ - Matt Bannert

Answer 1

qplot() 生成对象，而不是图形输出。当您运行它时，它可能看起来像是在生成图形输出，但这是因为在没有赋值的情况下，R会自动打印qplot()的输出结果。要将其集成到Sweave中，请使用print()将qplot()包装起来，或将qplot()的输出结果赋值给某个变量，然后将该变量包装在print()中。

...
<<fig = T, echo = F>>=
 library(ggplot2)
 x=rnorm(100)
 p <- qplot(x)
 print(p)
@
...

应该可以了。我经常在我的Sweave文档中使用ggplot2图形。

- JoFrhwld

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谢谢，开始总是最难的... 以前从没这么想过，因为我只是用了qplot()和ggsave。 - Matt Bannert

Answer 2

您需要将其包装在print()中，以使其在Sweave中正常工作。

- Maiasaura

Answer 3

实际上，虽然之前的两个答案都是正确的，但你的问题是另外一个。

你需要确保整个代码块在页面的左侧（除了函数缩进）。我不知道为什么，但这会导致Sweave出现问题。

在确保所有代码（以及代码块的页眉/页脚）都在页面的左侧（并添加打印语句）之后，你的示例对我有效。

顺便说一下，今天我学到了在sweave文档中可以在代码周围创建环境（我之前不知道，这将节省我很多时间）。好老的stackoverflow，在回答问题时甚至还能教你一些新东西！

希望这有所帮助。

- richiemorrisroe