R或MATLAB：将大型稀疏矩阵转换为块对角矩阵

Question

我有一个大型稀疏矩阵，想要重新排列其行或列，将原始矩阵转化为块对角矩阵。请问R或MATLAB中有哪些函数可以实现这个功能？非常感谢。

- user1867277

---

问题不是非常清楚，但在R中，您可以使用permute包。 - agstudy

从这里开始：https://dev59.com/eG025IYBdhLWcg3whGSx 展示你所拥有的（或尽力展示你所拥有的），并展示你想要它看起来像什么。玩具示例也可以。 - Brandon Bertelsen

首先尝试使用?hclust对数据进行聚类。您可以通过计算a和b数组的每一行（列）之间的距离来定义它们之间的距离，例如abs(a-b)。然后，hclust()将返回一个良好的排列，使得每一行（和列）都靠近在相同索引上具有非零值的行。 - Ali

一个更简单的方法是使用pheatmap()包pheatmap。它将为您提供块对角矩阵的可视化。 - Ali

Answer 1

我并不是专门用来测试的，但对于矩阵m，我建议尝试以下方法：

p = symrcm(m);
block_m = m(p,p);

如果这种方法不起作用，可以查看help sparkfun中列出的其他函数，看看是否有任何帮助。

- Pursuit

Answer 2

也许有点晚了，但是既然有可用的命令，这里提供一个简单的方法。如果你有一个矩阵 H 并且需要块对角形式，可以通过以下代码（MATLAB）获得：

[p,q] = dmperm(H);
H(p,q)

这相当于 Dulmage - Mendelsohn 排列。

- thanasissdr

Answer 3

不确定这是否符合您的要求，但在MATLAB中，这是我过去使用过的方法。可能不是最优雅的解决方案。 我从稀疏转换为完整，然后将其切成正方形块。

A=full(A);

然后：

blockedmatrix = mat2cell(A, (n*ones(1,size(A,1)/n)), ...
(n*ones(1,size(A,1)/n))); %found somewhere on internetz

这将返回一个单元格，其中每个条目的大小为nxn。 很容易提取感兴趣的块，对它们进行操作，然后使用cell2mat将它们恢复到矩阵中。

- johnish

Answer 4

R中的seriation包有许多工具可用于解决与此相关的问题。

- Glen_b