R笔记本：在报告中包含图形并保存绘图

Question

我正在使用 R Notebook，希望在代码运行时自动将绘图保存到磁盘，并以内联方式显示。 knitr：包含报告中的图像并将图像输出到单独文件 解决了 R Markdown 的问题，但给出的解决方案不适用于 R Notebook。是否有类似于 R Notebook 的选项？

- Lauren Fitch

Answer 1

这是最终对我有用的方法（参见@TCZhang对我的问题这里的回答）：

除了设置由@DonJ建议的knitr块fig.path="figures/"选项外，尝试设置output: html_document，或者只需按顶部的Preview [Notebook]按钮旁边的下拉菜单，然后按Knit to HTML。我认为这不起作用的原因是您的输出设置为output: html_notebook。

我不知道为什么在R Notebook格式的文档中特别不起作用。我也希望这适用于output: html_notebook，因此可能需要我们与RStudio或knitr开放一个问题。

- Leo

Answer 2

尝试设置 knitr 的 fig.path 选项：

knitr::opts_chunk$set(fig.path = "path/to/figures/")

path/to/figures/ 是存储图像的子目录路径。末尾斜杠是必需的。这应该是一个相对路径，可以是相对于 RNotebook 文件或项目目录。使用 here::here() 可以方便地定位项目目录。

这将把每个图像放入该目录中；图像名称将基于块名称（因此请为您的块命名！）

- DonJ

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这对我没用。图表在保存的笔记本 HTML 文件中显示，但没有将图表保存到指定文件夹中。 - Lauren Fitch

我也尝试在代码块内直接设置，但那也不起作用：{r test, fig.path="/figs/"} hist(iris$Sepal.Length) - Lauren Fitch

尝试使用 {r test, fig.path="figs/"}。目前您正在创建一个位于 / 下的顶级目录。 - DonJ

嗨，谢谢你的建议，但是那也不起作用。没有任何东西被保存到“figs /”子目录中。 - Lauren Fitch

你如何指定要使用的文件驱动程序？比如jpeg或pdf？ - user29609

你可以使用 dev 块选项来指定：opts_chunk$set(dev = 'png')。你也可以指定多个设备，例如：opts_chunk$set(dev = c('pdf', 'png') 将生成每个图的 PDF 和 PNG 版本。 - DonJ