Python - 3D医学图像配准库

Question

有哪些Python库能够读取扩展名为.vtk或.stl的CT模型文件，并与普通视频执行3D图像配准？我已经找到了许多具备此功能的软件，但我想要的不是一个程序，而是一个Python库，例如Numpy或OpenCV，只需要导入import numpy或import cv2即可。我已经找到了一些“似乎”可以完成这种类型操作的Python库，但库描述中的信息还不足以确定是否符合我的要求。我也愿意使用多个库。有没有人做过类似这样的事情，如果有人有任何库的经验，能否给我一些建议，谢谢。如果没有，我也会考虑使用其他语言的库。 以下是我目前考虑过的内容：

1. C++中的FW4SPL Libarary 2. C++中的MITK Library 3. Python中的MeVisLab Software 4. C++中的Elastix Library 5. Python中的SimpleElastix Library 6. C++中的ITK Library 7. Python中的SimpleITK Library

对于FW4SPL和MITK，由于编译源代码时不断出现新的错误，调试旧错误后仍然无法成功编译，因此已经放弃了尝试。

对于MeVisLab，这不是像numpy或opencv这样的Python库，而是一个GUI，也可以被编程。

对于Elastix、SimpleElastix、ITK和SimpleITK，它们确实是C++和Python库，看起来非常完美，但我不确定它们是否提供了上述应用程序的要求。此外，我对它们之间的关系感到非常困惑。

- Senyokbalgul

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在Stack Overflow上，询问我们推荐或寻找书籍、工具、软件库、教程或其他外部资源的问题是不适合的，因为它们往往会吸引主观性答案和垃圾邮件。相反，请描述问题以及已经采取的解决方法。"我可以在这里问什么话题？" - Tapio

@Tapio 抱歉，我没有意识到这一点，因为我看到了很多类似的问题，并且得到了良好的回应。我将编辑上面的问题以“描述问题以及迄今为止已经采取的措施来解决它”。 - Senyokbalgul

你之前使用过Slicer3D吗？这是一个图形用户界面，但它也允许你编写Python脚本，并且非常强大 - 请参考教程。 - KolaB

“CT与人头配准”是什么意思？难道不需要参考标记进行配准吗？我个人使用过 Elastix，它非常适合您的目的。 - Rick M.

@Rick M. 简单弹性或简单ITK难道不适用于这个目的吗？ - Senyokbalgul

Answer 1

我第一次使用vtk和stl文件。你的问题让我很好奇，但我显然没有经验。在上面的评论之前，我开始研究这个问题。我没意识到我们偏题了，对此很抱歉。因此，我在这里给出我的结论，因为它们是用来分享的。

1）对于.vtk文件 事实证明，我看到的大多数库都是针对python 2.7的，而我更喜欢最新版本（现在是3.5）。 对于3.5，我最终采用了‘woodscn’的版本，它似乎很有前途，对于编码，我认为所有必需的信息都在读取.vtk文件与python中。

2）对于.stl文件 来自'conda-forge'的‘nestly’软件包看起来不错，其中一个典型的示例是https://github.com/fhcrc/nestly/blob/master/examples/basic_nest/make_nest.py 然后你只需要在python脚本中写入import vtk 和 import nestly。

希望这对你有所帮助。

- Stéphane