从Python运行R脚本

Question

我搜索了这个问题并找到了一些答案，但是它们都似乎不起作用。 这是我在Python中使用的脚本来运行我的R脚本。

import subprocess
retcode = subprocess.call("/usr/bin/Rscript --vanilla -e 'source(\"/pathto/MyrScript.r\")'", shell=True)

我遇到了这个错误：

Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  : 
  no lines available in input
Calls: source ... withVisible -> eval -> eval -> read.csv -> read.table
Execution halted

以下是我的 R 脚本的内容（非常简单！）

data = read.csv('features.csv')
data1 = read.csv("BagofWords.csv")
merged = merge(data,data1)
write.table(merged, "merged.csv",quote=FALSE,sep=",",row.names=FALSE)
for (i in 1:length(merged$fileName))
{
        fileConn<-file(paste("output/",toString(merged$fileName[i]),".txt",sep=""))
        writeLines((toString(merged$BagofWord[i])),fileConn)
        close(fileConn)
}

当我在r命令行中使用source('MyrScript.r')时，r脚本正常工作。此外，当我尝试在命令行中使用传递给subprocess.call函数的确切命令（即/usr/bin/Rscript --vanilla -e 'source("/pathto/MyrScript.r")'）时，它也能正常工作，我真的不知道问题出在哪里。

- Ehsan

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尝试指定完整的 CSV 文件路径，也许会更好？ - kevinsa5

尝试使用 strace 命令查看 exec 调用之间的差异。 - Kevin Smyth

Answer 1

在Rscript调用中，我不会过分信任内部的source，因为您可能并不完全了解您运行的不同nested R会话所在的位置。由于简单的事情（如您的工作目录不是您想要的目录），该过程可能会失败。

Rscript使您能够直接运行脚本（如果您使用Linux，请参见man Rscript）。

然后，您可以直接执行以下操作：

subprocess.call ("/usr/bin/Rscript --vanilla /pathto/MyrScript.r", shell=True)

或者更好地将Rscript命令及其参数解析为列表

subprocess.call (["/usr/bin/Rscript", "--vanilla", "/pathto/MyrScript.r"])

另外，为了让事情更容易，您可以创建一个R可执行文件。为此，您只需在脚本的第一行添加以下内容：

#! /usr/bin/Rscript

并给它执行权限。详情请参见此处。

然后，您可以像处理其他 shell 命令或脚本一样调用 Python：

subprocess.call ("/pathto/MyrScript.r")

- dmontaner

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subprocess.call() 在我的情况下无法工作，但 subprocess.Popen() 对我有用。这是一个例子：process = subprocess.Popen(["R --vanilla --args %s %d %.2f < /path/to/your/rscript/transformMatrixToSparseMatrix.R" % ("sparse", 11, 0.98) ], shell=True) process.wait() - Good Will

对我而言，所有的代码都可以这样工作：subprocess.call(['Rscript', '--vanilla', 'MyrScript.r']) subprocess.Popen(['Rscript', '--vanilla', 'MyrScript.r']) subprocess.call('Rscript --vanilla MyrScript.r', shell=True) subprocess.Popen('Rscript --vanilla MyrScript.r', shell=True)如果您不把参数拆分成列表，那么就需要使用 shell=True。关于如何使用 < 将参数解析到 Rscript 中，我不太确定。 - dmontaner

Answer 2

我认为RPy2值得一试，这里有一个很酷的演示在R-bloggers.com上可以帮助你入门：

http://www.r-bloggers.com/accessing-r-from-python-using-rpy2/

基本上，它允许你使用R对象访问R库，提供了高级和低级接口。

这是最新版本的文档：https://rpy2.github.io/doc/latest/html/

我喜欢向Python用户介绍Anaconda，如果你使用包管理器conda安装rpy2，它也会确保你安装了R。

$ conda install rpy2

以下是基于该文件介绍的一个简短描述:

>>> from rpy2 import robjects
>>> pi = robjects.r['pi']
>>> pi
R object with classes: ('numeric',) mapped to:
<FloatVector - Python:0x7fde1c00a088 / R:0x562b8fbbe118>
[3.141593]

>>> from rpy2.robjects.packages import importr
>>> base = importr('base')
>>> utils = importr('utils')

>>> import rpy2.robjects.packages as rpackages
>>> utils = rpackages.importr('utils')
>>> packnames = ('ggplot2', 'hexbin')
>>> from rpy2.robjects.vectors import StrVector
>>> names_to_install = [x for x in packnames if not rpackages.isinstalled(x)]
>>> if len(names_to_install) > 0:
...     utils.install_packages(StrVector(names_to_install))

运行 R 代码片段:

>>> robjects.r('''
...         # create a function `f`
...         f <- function(r, verbose=FALSE) {
...             if (verbose) {
...                 cat("I am calling f().\n")
...             }
...             2 * pi * r
...         }
...         # call the function `f` with argument value 3
...         f(3)
...         ''')
R object with classes: ('numeric',) mapped to:
<FloatVector - Python:0x7fde1be0d8c8 / R:0x562b91196b18>
[18.849556]

这里有一个小的自包含图形演示：

from rpy2.robjects.packages import importr
graphics = importr('graphics')
grdevices = importr('grDevices')
base = importr('base')
stats = importr('stats')

import array

x = array.array('i', range(10))
y = stats.rnorm(10)

grdevices.X11()

graphics.par(mfrow = array.array('i', [2,2]))
graphics.plot(x, y, ylab = "foo/bar", col = "red")

kwargs = {'ylab':"foo/bar", 'type':"b", 'col':"blue", 'log':"x"}
graphics.plot(x, y, **kwargs)


m = base.matrix(stats.rnorm(100), ncol=5)
pca = stats.princomp(m)
graphics.plot(pca, main="Eigen values")
stats.biplot(pca, main="biplot")

- Russia Must Remove Putin

Answer 3

下面的代码应该能够正常工作：

import rpy2.robjects as robjects
robjects.r.source("/pathto/MyrScript.r", encoding="utf-8")

- ah bon

Answer 4

我不建议使用系统调用，因为Python和R之间存在许多差异，特别是在传递数据时。有许多标准库可供选择，可以从Python中调用R，请参见此答案。

- pyCthon

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嗨，在这里，我只需要运行一个简单的脚本，所以我不想被设置rpy2或其他库所困扰。 - Ehsan

@Ehsan，这很容易设置，而且你可以避免重复造轮子。你用的是Windows、Mac还是Linux？ - pyCthon

@Ehsan，如果你只是使用R加载CSV文件，为什么不将R代码重写为Python呢？ - pyCthon

我正在使用Linux，不仅仅是加载CSV文件，但我会看一下rpy2并了解它的情况:) - Ehsan

如果你使用的是Ubuntu系统，那么只需要执行sudo apt-get install python-rpy2命令就可以安装python-rpy2了。 - pyCthon

Answer 5

尝试在你的R脚本开头添加一行代码：

setwd("path-to-working-directory")

除此之外，将路径替换为包含文件features.csv和BagofWords.csv的文件夹的路径。

我认为你遇到的问题是因为当你从R运行这个脚本时，你的工作目录已经是正确的路径了，但当你从python运行脚本时，默认的工作目录在其他地方（很可能是用户目录的顶部）。

通过在R脚本开头添加额外的一行，你可以明确地设置工作目录，读取这些文件的代码将会起作用。或者，你可以用这些文件的完整文件路径替换read.csv()中的文件名。

@dmontaner在他的答案中提出了这种可能性:

由于简单的事情，比如你的工作目录不是你想要的那个，所以这个过程可能会失败。

- enpitsu

Answer 6

如果您只想运行一个脚本，那么可以使用sys库中可用的system("shell command")。如果您有一个有用的输出结果，您可以在您的shell命令末尾添加" > outputfilename"来打印结果。

例如：

import sys

system("ls -al > output.txt")

- Mips42

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我不知道这个存在。它是旧的/过时的吗？它能将输出保存为字符串吗？ - Tom

我不知道它是否已经过时，但是你可以得到输出。使用这个命令，你可以调用一个shell命令，所以如果你使用>更改输出目标，你就可以通过输出文件获取结果。 - Mips42