在R中显示多个置信区间

Question

在R中显示多个置信区间

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我有一个数据框，其中每一行对应于参数的置信区间上限和下限。如果有n行，则有n个变量。有两列，一列是下置信区间限制“lower”，另一列是“upper”限制。行名称对应于变量名称。类似于这样：

      lower  upper  
y1      7.923  9.22
y2      7.105  8.74 
y3      8.185  9.54 
y4      8.157  9.51

我想创建一个绘图，将这些置信区间显示为条形图，最好在每个端点处加上挂耳。

如果有人能告诉我一个好的方法来完成这个任务，我会非常感激！

谢谢 PS

- LeelaSella

4个回答

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这里是通常的ggplot2解决方案。还有其他几种可用于此类图的geoms。例如，尝试将其替换为geom_crossbar。欲了解更多详情，请访问ggplot2网页。

cidf = data.frame(
   var   = c('y1', 'y2', 'y3', 'y4'),
   lower = c(7.923, 7.105, 8.185, 8.157),
   upper = c(9.22, 8.74, 9.54, 9.51)
)

require(ggplot2)
p1 <- ggplot(cidf) + 
  geom_errorbar(aes(x = var, ymin = lower, ymax = upper), width = 0.2)

- Ramnath

谢谢。听起来很有前途，但是根据我对其他答案的评论，我不知道你示例代码中的“var”代表什么。例如，我有一个名为cidf的数据框，它有列“lower”和“upper”，每行都是我想要显示的区间。再次感谢。 - LeelaSella

啊，现在明白了。谢谢！所以我需要向数据框添加另一列 - 基本上是将行名称转换为因子，就像Roman Luštrik上面说的那样。抱歉我有点慢！ - LeelaSella

我发现我可以直接使用x=row.names(cidf)，而不需要创建一个新的列。 - LeelaSella

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我已经找到了一种使用内置的箱线图命令来完成的方法。不过，我必须将数据框转换为矩阵：

ci <- as.matrix(cidf)
boxplot(ci[1,],ci[2,],ci[3,],ci[4,])

我仍然很想知道在ggplot或bwplot中更好的方法，或任何其他相关建议。

附言

- LeelaSella

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最后，我用ggplot找到了一个好的解决方案。感谢以上的回复。

p1 <- ggplot(cidf) +

geom_errorbar(aes(x = row.names(ciddf), ymin = lower, ymax = upper), width = 0.2) +

xlab("Variables") +

coord_flip() + opts(title = "Confidence intervals for Variables")

p1

- LeelaSella

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可以查看英文原文，
原文链接

- Andrie · Accepted Answer

lattice 中的 bwplot 可以制作箱线图:

library(lattice)
bwplot(lower+upper~var, data=dat)

要了解更多详情，请查看 ?bwplot 和 ?lattice。

enter image description here

通常，您可以通过让绘图函数为您汇总数据来充分利用 R 的全部功能。例如：

dat <- data.frame(
  var <- sample(paste("y", 1:4, sep=""), 100, replace=TRUE),
  val <- rnorm(100)
  )

plot(val~factor(var), data=dat, col="cyan")

enter image description here