使用glmer处理嵌套数据

Question

我有一些关于特定宿主物种在不同纬度下感染病原体多样性的数据。设计包括收集4个不同纬度地区内3个站点的20个个体，因此我有20个个体，嵌套在3个站点，嵌套在4个地点中。

考虑到我的病原体多样性数据是计数数据且有很多零值，所以我一直在探索使用R中lme4::glmer命令的广义线性混合模型来分析数据。对于分析，我想将纬度视为数字固定因素，而将站点视为与位置嵌套的随机因素。

对于完整模型，我已将命令设置如下：

glmer(pathogen.richness~latitude+(site|location),data=my.data,
      family="poisson")

这是我描述的正确语法吗？谢谢！

- ajpty

Answer 1

您可能希望

glmer(pathogen.richness~latitude+(1|location/site),
     data=my.data,family="poisson")

然而，如果你试图将一个位置的随机效应适配到仅有4个位置，那么你可能会遇到问题，因此你可能更喜欢选择其他方法。

glmer(pathogen.richness~latitude+location+(1|location:site),
     data=my.data,family="poisson")

即使位置在概念上是随机效应，但将其作为固定效应拟合可能更实际。

不要忘记检查过度离散性；一种处理方法是添加一个观测水平的随机效应：

transform(my.data,obs=factor(seq(nrow(mydata)))
update(prev_model,.~.+(1|obs))

请参阅GLMM FAQ和http://glmm.wdfiles.com/local--files/examples/Banta_2011_part1.pdf了解更多信息。

- Ben Bolker