Caffe在编译时找不到hdf5.h文件。

Question

我在安装Python上的Caffe深度学习框架时遇到了问题：

当我在caffe目录下运行make命令时，它会显示

hdf5.h:没有这样的目录

我所做的步骤：

• 更新并升级我的Ubuntu服务器

• 安装Python 2.7

• 根据http://caffe.berkeleyvision.org/install_apt.html安装所有依赖项

• 运行cp cp Makefile.config.example Makefile.config

• 取消Makefile.config中cpu_only = 1的注释

如果有人能帮助我，我将不胜感激。

错误信息：

CXX src/caffe/util/hdf5.cpp
in file include from src/caffe/util/hdf5.cpp:1:0:
./include/caffe/util/hdf5.hpp:6:18: fatal error: hdf5.h: No such file or directory
compilation terminated 

Makefile:572 recipe for target '.build_release/src/caffe/util/hdf5.o'       
failed Make:*** [.build_release/src/caffe/util/hdf5.o] Error 1

- kelvin

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欢迎来到SO。请不要发布屏幕截图，而是将错误消息复制粘贴（并格式化）到您的问题中：这样搜索引擎可以更好地在未来定位此线程。 - Shai

你安装了HDF5吗？请看http：// caffe.berkeleyvision.org/install_apt.html: sudo apt-get install libhdf5-serial-dev。 - Shai

哦，对不起，我是新手，我会更改截图的。谢谢你通知我。是的，我已经安装了HDF5。 - kelvin

你的系统上有 hdf5.h 文件吗？尝试使用类似 locate hdf5.h 的命令来查找它的位置，并在这里发布结果。 - John Zwinck

嗨，我尝试在我的Ubuntu终端中按照您的建议编写“locate hdf5.h”，但没有任何反应。所以，我运行了另一个命令“find ~/ -type f -name“hdf5.h””，结果是“/home/kelvin/opencv-3.1.0/modules/flann/include/opencv2/flann/hdf5.h”。谢谢。 - kelvin

Answer 1

你的Ubuntu安装版本是什么？尝试这样做。在你的Makefile.config中，尝试将/usr/include/hdf5/serial/添加到INCLUDE_DIRS中：

--- INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include
+++ INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include /usr/include/hdf5/serial/

将Makefile中的hdf5_hl和hdf5重命名为hdf5_serial_hl和hdf5_serial：

--- LIBRARIES += glog gflags protobuf boost_system boost_filesystem m hdf5_hl hdf5
+++ LIBRARIES += glog gflags protobuf boost_system boost_filesystem m hdf5_serial_hl hdf5_serial

关于此漏洞修复，这里有更多信息。

- alfakini

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谢谢。这节省了我的时间！ - tobe

这是对我有效的解决方案！非常感谢！ - Dang Manh Truong

这个答案确实是最佳解决方案（即不移动hdf5目录）。@kelvin：你能将这个答案标记为正确吗？ - MarvMind

非常感谢。解决了我的问题。 - user3304797

这在Ubuntu 18.04上运行，无需添加LIBRARIES部分。 - jfleach

Answer 2

这个解决方案在Ubuntu16.04LTS上对我有效。

sudo apt-get install libhdf5-10
sudo apt-get install libhdf5-serial-dev
sudo apt-get install libhdf5-dev
sudo apt-get install libhdf5-cpp-11
find /usr -iname "*hdf5.h*"
/usr/include/hdf5/serial/hdf5.h
export CPATH="/usr/include/hdf5/serial/"

- loretoparisi

---

我也用过，有效！ - O. Edholm

对我来说有效的三个！ - Neo li

只需要运行 sudo apt-get install libhdf5-10 libhdf5-serial-dev 命令就可以了。 - Tony Z

Answer 3

我曾经遇到的另一个案例是：

我正在使用Ubuntu 14.04并安装hdf5-1.10.0。

我发现hdf5.h位于/usr/local/hdf5/include。因此，我通过将该位置添加到INCLUDE_DIRS中来修改Makefile.config文件。

# Whatever else you find you need goes here.
INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include \
                    /usr/local/hdf5/include

我没有在Makefile中重命名任何东西。它正常工作。

- iparjono

Answer 4

在Ubuntu16.04 LTS上它对我不起作用。

所以我必须

sudo apt-get install libhdf5-10
sudo apt-get install libhdf5-serial-dev
sudo apt-get install libhdf5-dev
sudo apt-get install libhdf5-cpp-11
find /usr -iname "*hdf5.h*"
/usr/include/hdf5/serial/hdf5.h

现在进行这个操作

export CPATH="/usr/include/hdf5/serial/"

- HimalayanCoder

Answer 5

在RHEL7上，我厌倦了寻找特定的hdf5 RPM包，并运行了以下命令：

sudo yum install *hdf5*

这些是我所拥有的:

hdf5-openmpi3-static-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-openmpi-static-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-openmpi3-devel-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-openmpi3-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-mpich-devel-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-devel-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-openmpi-devel-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-mpich-static-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-mpich-1.8.12-11.el7.x86_64
hdf5-openmpi-1.8.12-11.el7.x86_64

感谢 @loretoparisi 的帮助，我找到了缺失的头文件，问题得以解决。

$ find /usr -iname "*hdf5.h*"
/usr/include/openmpi-x86_64/hdf5.h
/usr/include/hdf5.h
/usr/include/mpich-x86_64/hdf5.h
/usr/include/openmpi3-x86_64/hdf5.h

- Srini