Cox回归Python

Question

Python有没有用于生存分析的包？我特别想进行Cox回归分析。

我知道这个例子，但是它是用R编写的。我们可以使用Python与R交互（例如使用rpy2）来完成任务吗？

- Edward

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抱歉，我不知道这个规则。 - Edward

Answer 1

Python中的lifelines包提供了生存分析，其中包括Cox比例风险模型拟合器：https://lifelines.readthedocs.io/en/latest/

- ilse

Answer 2

作为2020年7月之后的最新答案，我想提供以下内容：

• 就像 ilse 提到的那样，lifelines 是进行生存分析的绝佳工具包。它可以与 pandas 非常好地配合使用，并且已经内置了一些很棒的可视化工具。该工具包正在不断开发和更新，而且文档非常详尽。我甚至建议初学者以此作为研究生存分析的起点。
• scikit-surv 是另一个选择。虽然它缺少一些 lifelines 的功能，但它的优势在于它基于 scikit-learn，使得它非常容易与管道中的其他构件配合使用。此外，它还包括实现了一些生存分析机器学习算法，如随机生存森林和SSVMs。
• 最后，我们有 PySurvival。我没有使用过这个框架，但它看起来也有很多算法。它建立在 PyTorch 等基础上。

- Arturo Moncada-Torres

Answer 3

在 @arturo 的列表中再加上一项库：

• PyCox：基于 PyTorch 构建，并提供了几种现代的基于深度学习的生存预测算法。

- Cam.Davidson.Pilon