将vtkPoints转换为numpy数组？

Question

我在Python脚本中使用Mayavi2计算3D等值面。结果，我得到了一个vtkPoints对象。现在，我想将这个vtkPoints对象（下面代码示例中的'vtkout'）转换为一个简单的numpy数组，其中包含所有x，y和z值的3行。

我使用以下代码获取vtkout：

import numpy
from enthought.mayavi import mlab
import array

randVol = numpy.random.rand(50,50,50)        # fill volume with some random potential
X, Y, Z = numpy.mgrid[0:50, 0:50, 0:50]      # grid
surf = mlab.contour3d(X, Y, Z, randVol, contours=[0.5])   # calc contour
vtkout = surf.contour.contour_filter.output.points        # get the vtkPoints object

目前，我使用以下代码将点提取到数组中：

pointsArray = numpy.zeros((3, vtkout.number_of_points))
for n in range(vtkout.number_of_points):
    pointsArray[0,n] = vtkout[n][0]
    pointsArray[1,n] = vtkout[n][1]
    pointsArray[2,n] = vtkout[n][2]

我想知道是否有一种通用的程序可以以方便、快捷和安全的方式为我完成这些转换？

- Jakob S.

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我不熟悉VTK的Python接口，但如果你很幸运的话，他们可能正确地使用了Python的缓冲区接口。可以尝试类似于numpy.frombuffer(vtkout)这样的方法，然后进行重塑。 - Sven Marnach

就像Sven所说，我不熟悉这个接口，但是通过一些搜索（如果我找到了正确的接口——我尝试查找number_of_points），你可能可以使用vtkout.to_array()。如果您提供一个简短的例子和适当的导入语句来生成一个样本vtkPoints对象，我可以为您提供更进一步的帮助。 - JoshAdel

我尝试了同样的方法，但是在 Python 中收到一个错误：“AttributeError: to_array”。你还记得当时使用的 vtk 版本吗？或者你知道为什么我不能使用这个方法吗？也许这与 Mayavi2 有关？你知道这个方法是否适用于常规的 vtk Python 绑定吗？ - Chris

@JakobS. 抱歉，我刚才又偶然发现了这个问题。是的，我用括号写了它，但最终我仍然看到相同的错误:D 最后我“手动”将点复制到numpy数组中（类似于您的最初建议）。 - Chris

@Chris 我也有同样的问题 - 这非常令人沮丧。你使用的是哪个版本的Paraview？ - Dipole

Answer 1

vtk_points.to_array() 对我来说不起作用（在纯vtk中似乎不存在to_array()函数）。

实际上在我的情况下可行的方法是使用numpy_support模块：

from vtk.util import numpy_support
as_numpy = numpy_support.vtk_to_numpy(vtk_points.GetData())

- Fabio Zadrozny

Answer 2

根据原帖的评论，你可以尝试以下方法：

vtkout.to_array().T

这是一种不需要循环的直接方法。

- JoshAdel

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我无法在我的 vtkPoints 对象上使用这个方法 (AttributeError: to_array)。有任何想法吗？ - Dipole

这个答案已经不再有效。请查看Fabio Zadrozny的答案，该答案适用于vtk8.x。 - normanius