在Python中处理yEd的graphml文件

Question

我想要获取yEd创建的graphml文件中所有节点和一些属性（例如标签名称）的列表，而不管它们在图形中的位置如何。这已经部分地得到了处理(Processing XML file with networkx in python 和 How to iterate over GraphML file with lxml)，但是当您在yEd中“分组”节点时尚未解决 - 而我有很多嵌套的分组。

尝试过networkx和lxml，但使用简单的建议方法无法获得完整的结果集 - 有没有优雅的方法来解决并使用哪个库，而不必通过递归迭代树并识别组节点再次深入钻研。 示例： 非常简单的图形使用networkx的示例输出，当您有分组时：

('n0', {})
('n1', {'y': '0.0', 'x': '26.007967509920633', 'label': 'A'})
('n0::n0', {})
('n0::n1', {})

- belvoir

Answer 1

在尝试了networkx、lxml和pygraphml后，我决定它们都不能胜任工作。我正在使用BeautifulSoup并从头开始编写所有内容：

from bs4 import BeautifulSoup

fp = "files/tes.graphml"

with open(fp) as file:
    soup = BeautifulSoup(file, "lxml")

    nodes = soup.findAll("node", {"yfiles.foldertype":""})
    groups = soup.find_all("node", {"yfiles.foldertype":"group"})
    edges = soup.findAll("edge")

然后您可以像这样获取结果：

print " --- Groups --- "
for group in groups:
    print group['id']
    print group.find("y:nodelabel").text.strip()

print " --- Nodes --- "
for node in nodes:
    print node['id']
    print node.find("y:nodelabel").text.strip()

这应该能让你开始工作了。你可以创建组、节点和边对象，并将它们用于一些处理中。

我可能会开源我正在开发的库，因为它将被用于比仅解析图形更大的目的。

和输出：

 --- Groups --- 
n0 / SimpleApp
 --- Nodes --- 
n0::n0 / main
n0::n1 / say hello
n1 / Exit
 --- Edges --- 
n0::e0 / n0::n0 / n0::n1 / str:username, int:age
e0 / n0::n1 / n1 / None

- Tony J.

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感谢您分享您的经验。我无法弄清如何使用pyyed读取graphml文件，或从pygraphml获取标签文本。 - Sridhar Sarnobat

pip3 install bs4, pip3 install lxml - Sridhar Sarnobat

Answer 2

我认为你可以尝试这个。

这是一个Python库，根据作者的说法...

提供了一个简单的接口，让您指定图形的外观，并生成相应的graphML，可以在yEd中打开。

https://github.com/jamesscottbrown/pyyed

希望这能帮到你！干杯！

- Lucas Aimaretto

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嗨！感谢您的建议…让我在回答中添加一些信息…谢谢！ - Lucas Aimaretto

我正在使用这个库，它非常棒！但是在大型图表上效果不太好（超过几千个节点），可视化工具yEd也是如此。 - OverInflatedWalrus

@OverInflatedWalrus，我同意yEd无法处理大型图形。但是，在这种情况下，您可以尝试使用Gephi，它也支持graphml。 - Lucas Aimaretto

@LucasAimaretto 是的，我在处理较大的图形时使用Gephi，它表现良好、能够计算统计数据，并且可以给你提供有关图形结构的总体观点。yEd更适用于需要重视可视化表示的情况。对于非常大的图形来说，可视化表示就没有意义了，但是在某些特定领域，这种表示仍然是有意义的，只不过不能再使用yEd了。 - OverInflatedWalrus