Matlab中的分水岭算法

Question

有人知道如何在Matlab中编写函数，使用watershed算法对细胞进行分割，并计算平均细胞面积吗？非常感谢任何帮助。谢谢！

这是酵母细胞的图像。

- Glove

Answer 1

这里介绍一种使用分水岭算法对图像进行分割的方法。还有很多其他操作可以进行（例如，如果细胞尚未完成细胞质分裂，则将具有两个细胞核的细胞融合），但以下步骤应该能让你对此有第一印象。

（1）确定细胞与背景的阈值，细胞核的阈值。

%# read image
img = imread('http://i.stack.imgur.com/nFDkX.png');
%# normalize to 0...1
imgN = double(img-min(img(:)))/(max(img(:)-min(img(:))));
th1=graythresh(imgN);
th2 = graythresh(imgN(imgN>th1));

cellMsk = imgN>th1;
nucMsk = imgN>th2;

figure,imshow(cellMsk+nucMsk,[])

(2) 平滑原始图像（以避免过分分割）并将细胞核作为最小值施加

[xx,yy]=ndgrid(-5:5,-5:5);
gf = exp((-xx.^2-yy.^2)/20);
filtImg = conv2(imgN,gf,'same');

figure,imshow(filtImg,[])

filtImgM = imimposemin(-filtImg,nucMsk);

(3) 流域、遮罩单元格和显示

ws = watershed(filtImgM);
ws(~cellMsk) = 0;

lblImg = bwlabel(ws);

figure,imshow(label2rgb(lblImg,'jet','k','shuffle'));

(4) 现在您可以在标记图像上使用REGIONPROPS来提取您想要的统计信息。

- Jonas

Answer 2

请参考图像处理工具箱中的watershed和“Steve on Image Processing”博客上有关细胞分割的此篇文章。

- Richie Cotton