当我尝试使用以下代码将使用ggplot制作的图表保存为pdf时:
library(ggplot2)
file = "/data/mda/20150630-1Mb-full_comparison-low_depth_hTERT/result/comparison_figure/SD_rank_custom.csv"
figure_file = "/data/mda/20150604-1Mb-full_comparison-low_depth_hTERT/result/comparison_figure/SD_rank_custom.pdf"
sd_data <- as.data.frame(read.csv(file, header=TRUE))
# generate box plot
ggplot(
data=sd_data,
aes(
x=Experiment,
y=SD
)
)+
theme_bw() + #use bw theme
geom_boxplot(outlier.shape = NA) + #hide outlier points
geom_jitter() +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust=1))
ggsave(
filename=figure_file,
width=10,
height=10
)
我遇到了如下错误:
我认为我的R版本最近更新到3.2.0,而我已确认在v3.1.1中可以正常工作,因此我认为这是与版本有关的问题。我还确认我可以将CSV文件写入目录。grDevices::pdf(..., version = version) 错误:
无法打开文件 'file.pdf'
Calls: ggsave -> device ->
Execution halted
有什么想法可以解决这个问题吗?
getwd()
返回什么? - MrFlickfile.info("/data/mda/20150604-1Mb-full_comparison-low_depth_hTERT/result/comparison_figure/")$isdir
返回的是TRUE
吗?这似乎只是一个文件权限问题。读取和写入是不同的。您能否向该目录写入? - MrFlick