Networkx：在可视化MultiGraph时重叠的边

Question

以下多重图使用graphviz neato生成png时绘制正确（即平行边不重叠），如这个答案所示。

import networkx as nx
nx.MultiGraph ([(1,2),(1,2),(1,2),(3,1),(3,2)])
nx.write_dot(Gm,'multi.dot')
!neato -T png multi.dot > multi.png

然而，使用Networkx的绘图函数并不能解决问题。

nx.draw_graphviz(Gm,prog='neato')

使用Networkx的绘图方法是否可以防止边重叠？

谢谢

- JuanPi

Answer 1

很遗憾，目前还没有这个功能。虽然从技术上讲是可能的，但是迄今为止还没有人编写过相关的代码。

- Aric

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相关内容，提示需要在NetworkX中添加的位置：https://groups.google.com/forum/#!msg/networkx-discuss/K6QYbpBDUfk/1GqbsiocpCAJ - 0 _

Answer 2

你可以直接使用已计算的节点位置，使用matplotlib进行绘图。

G=nx.MultiGraph ([(1,2),(1,2),(1,2),(3,1),(3,2)])
pos = nx.random_layout(G)
nx.draw_networkx_nodes(G, pos, node_color = 'r', node_size = 100, alpha = 1)
ax = plt.gca()
for e in G.edges:
    ax.annotate("",
                xy=pos[e[0]], xycoords='data',
                xytext=pos[e[1]], textcoords='data',
                arrowprops=dict(arrowstyle="->", color="0.5",
                                shrinkA=5, shrinkB=5,
                                patchA=None, patchB=None,
                                connectionstyle="arc3,rad=rrr".replace('rrr',str(0.3*e[2])
                                ),
                                ),
                )
plt.axis('off')
plt.show()

- Lee

Answer 3

上面回答的一个改进是在nx.draw中添加connectionstyle参数：

import networkx as nx
G = nx.DiGraph()
G.add_nodes_from([0,1])
pos = nx.circular_layout(G)
nx.draw_networkx_nodes(G, pos, connectionstyle='arc3, rad = 0.1', node_color = 'r', node_size = 100, alpha = 1)
nx.draw_networkx_edges(G, pos,connectionstyle='arc3, rad = 0.1', edgelist = [(0,1)], width = 2, alpha = 0.5, edge_color='b')
nx.draw_networkx_edges(G, pos,connectionstyle='arc3, rad = 0.1', edgelist= [(1,0)], width = 1, alpha = 1)
plt.axis('off')
plt.show() 

- AMangipinto

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有一个小错误，draw_networkx_nodes不再接受参数 connectionstyle。干杯 :-) - germannp

Answer 4

我知道这可能不是你想要的，但我曾经遇到过类似的问题，我想要一个有向图，其中两个节点之间的边在不同方向（进入或离开节点）时具有不同的权重。我的解决方法是为每条边使用不同的颜色，并减少其中一条边的透明度，这样即使它们重叠也能显示出来。我只需要两条边连接我的两个节点，所以对我来说这个方法很有效。

G = nx.DiGraph()
G.add_nodes_from([0,1])
pos = nx.circular_layout(G)
nx.draw_networkx_nodes(G, pos, node_color = 'r', node_size = 100, alpha = 1)
nx.draw_networkx_edges(G, pos, edgelist = [(0,1)], width = 2, alpha = 0.5, edge_color='b')
nx.draw_networkx_edges(G, pos, edgelist= [(1,0)], width = 1, alpha = 1)
plt.axis('off')
plt.show() 

- Sarah Desouky