在R中使用setwd出现错误

Question

当尝试使用SubgraphMining的示例代码时（示例在第35页），我遇到一个错误：

"Error in setwd(paste(Sys.getenv("R_HOME"), "library", "subgraphMining",  : 
  cannot change working directory"

我正在使用RStudio 0.97.551，32位R（2.15.3 - 推荐使用此版本的R与subgraphMining一起使用），使用igraph0（而不是igraph库），安装了Java。操作系统为Windows 8。 有人可以帮我解决这个问题吗？

- Illya K

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"无法更改工作目录"几乎总是表示该目录不存在。您可以通过在setwd()内运行所有内容并检查解析的路径来进行调试。 - user1509107

据我所知，“R_HOME”是Linux系统的变量，而我正在使用Windows 8。我应该在Windows上创建这个系统变量吗？ - Illya K

你可以这么做。但是，你能否发布你的R代码以确定你正在尝试做什么。我查看了第35页-上面没有任何R代码。这是我通常设置工作目录的方法。 setwd（C：\\ mydata \\ myproject \\），然后通过调用library（subgraphMining）来加载软件包。 - user1509107

以下是代码：graph1 = graph.ring(5); graph2 = graph.ring(6); database = array(dim=2); database[1] = list(graph1); database[2] = list(graph2); results = gspan(database, "80%");需要安装igraph0和Java，同时需要安装igraph0和subgraphmining库。 - Illya K

这个子图挖掘包是什么？它不在CRAN和bioC上，我也找不到其他地方。顺便说一下，igraph0包已被CRAN维护人员从CRAN中删除。 - Gabor Csardi

Answer 1

错误消息来自于subgraphMining的gspan函数，源代码如下：

setwd(paste(Sys.getenv("R_HOME"), "library", "subgraphMining", 
    "parsemis", sep = "\\"))

原因是R使用/作为路径分隔符，而不是\\，后者仅适用于Windows。一个解决方法是不修改函数并使用/代替\\。顺便说一下，这与igraph包无关，所以我将删除该标签。

- Gabor Csardi

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我不明确地使用\\作为路径分隔符。在代码中，我应该在哪里使用（或在哪些文件中更改）/分隔符而不是\\\分隔符？ - Illya K

不是你，而是subgraphMining包的作者。 - Gabor Csardi

想要补充一下，如果你试图将wd设置为不存在的路径，也会出现这个错误。 - gr1zzly be4r

Answer 2

在我的情况下，它显示了错误，因为我希望它创建一个新的文件夹，我在setwd中提到过。不幸的是，R没有这个功能，当我创建文件夹并使用setwd命令后，问题得以解决。

- optimist

Answer 3

我知道这个问题发布已经快一年了。我也遇到了subgraphMining包的同样问题。一个快速的解决办法是：你可以在RStudio的命令行中输入“gspan”，它会显示该函数，复制该函数并在自己的脚本中创建自己的函数（当然要用新的名称，比如gspanNew），并通过将“\\\\”替换为“/”来修复它，就像Gabor Csardi指出的那样。

干杯！ :)

- Asymptote

Answer 4

为了让您的代码跨操作系统运行，您可以始终使用 file.path("路径"，"文件夹名"，"文件名") 而不是简单地粘贴。

- amonk