在当前工作目录中设置setwd()。

Question

我有一个文件夹列表。在每个文件夹中都有一个 R 相同的脚本，必须在文件夹中运行。我写了一次脚本，并将脚本复制到每个文件夹中。问题是我有大约100个文件夹，所以不可能手动设置当前工作目录setwd()。我想知道是否有可能使用例如"."设置当前工作目录，方法如下：

setwd("/User/myname/./")

或者采用另一种简单的方式，告诉R当前工作目录而不是每次都输入文件夹名称。

- Fuv8

---

你为什么要在每个文件夹中复制相同的脚本，而且为什么需要设置工作目录？你想要实现什么？ - Roland

为什么不只编写一个脚本，然后通过循环对每个文件夹执行其内容呢？ - sebastian-c

嗨，Roland和Sebastian！由于我从一个非常大的矩阵开始（约2.8G），所以我将其分成子文件夹，并在每个文件夹中运行相同的脚本，因为我必须对文件执行相同的操作。 - Fuv8

Answer 1

这个怎么样？

# set the working directory to the main folder containing all the directories
setwd( "/user/yourdir/" )

# pull all files and folders (including subfolders) into a character vector
# keep ONLY the files that END with ".R" or ".r"
r.scripts <- list.files( pattern=".*\\.[rR]$" , recursive = TRUE )

# look at the contents.. now you've got just the R scripts..
# i think that's what you want?
r.scripts

# and you can loop through and source() each one
for ( i in r.scripts ) source( i )

- Anthony Damico

---

你可能会对list.files函数中的pattern参数感兴趣。 - Roland

如果OP想循环遍历文件夹并将工作目录设置为它们，则可以考虑list.dirs(recursive = FALSE)（如果它们都在同一级别）。 - sebastian-c

嗨，安东尼，是的，这差不多就是我想要的。 - Fuv8

你可能还想在source中加入chdir = T。 - hadley

Answer 2

除了其他很棒的回答之外，source函数还有一个chdir参数，它会临时将工作目录更改为源文件所在的目录。

一种选项是使用list.files和/或其他工具创建一个包含每个脚本文件的文件名（包括路径）的向量。然后，使用source函数分别对这些文件进行源代码处理，让source和chdir帮助您设置工作目录。

- Greg Snow

Answer 3

据我所知，您想触发一批R脚本，这些脚本分布在多个文件夹中。

个人认为，我可能会编写一个shell脚本（或操作系统等效），而不是在R中执行。

for dir in /directoriesLocation/*/
do
    cat $dir/scriptName.R | R --slave --args $arg1 $arg2
done

其中$dir是包含R脚本scriptName.R的所有目录的位置。

- mjshaw

---

嗨！是的，我运行一个 .sh 脚本来调用一个 .bash 脚本来运行所有的 .R 脚本，因为我正在集群上工作。 - Fuv8