在使用Multiprocessing软件包(python 2.73与numpy 1.7.0在Amazon EC2上的Ubuntu 12.04)进行一些基于numpy的矩阵代数计算时,我遇到了系统错误(如下所示)。我的代码对于较小的矩阵大小运行良好,但对于较大的矩阵(即使有足够的可用内存)会崩溃。我使用的矩阵的大小相当大(顺便说一句,我将这些矩阵传递给/来自子进程)。10 vs 500是一个运行时参数,其他所有内容都保持不变(输入数据,其他运行时参数等)。
我还尝试使用python3运行相同的代码-对于较大的矩阵,子进程进入睡眠/空闲模式(而不是像python 2.7中那样崩溃),程序/子进程什么都没做。对于较小的矩阵,代码在python 3中运行良好。
非常感谢任何建议(我的想法已经用尽了)
错误消息:
Exception in thread Thread-5: Traceback (most recent call last):
File "/usr/lib/python2.7/threading.py", line 551, in __bootstrap_inner
self.run() File "/usr/lib/python2.7/threading.py", line 504, in run
self.__target(*self.__args, **self.__kwargs) File "/usr/lib/python2.7/multiprocessing/pool.py", line 319, in _handle_tasks
put(task) SystemError: NULL result without error in PyObject_Call
我使用的多进程代码:
def runProcessesInParallelAndReturn(proc, listOfInputs, nParallelProcesses):
if len(listOfInputs) == 0:
return
# Add result queue to the list of argument tuples.
resultQueue = mp.Manager().Queue()
listOfInputsNew = [(argumentTuple, resultQueue) for argumentTuple in listOfInputs]
# Create and initialize the pool of workers.
pool = mp.Pool(processes = nParallelProcesses)
pool.map(proc, listOfInputsNew)
# Run the processes.
pool.close()
pool.join()
# Return the results.
return [resultQueue.get() for i in range(len(listOfInputs))]
以下是每个子进程执行的“proc”。基本上,它使用numpy解决许多线性方程组(在子进程内构建所需的矩阵),并将结果作为另一个矩阵返回。再次强调,在较小的运行时参数值下工作正常,但对于较大的值会崩溃(或在python3中挂起)。
def solveForLFV(param):
startTime = time.time()
(chunkI, LFVin, XY, sumLFVinOuterProductLFVallPlusPenaltyTerm, indexByIndexPurch, outerProductChunkSize, confWeight), queue = param
LFoutChunkSize = XY.shape[0]
nLFdim = LFVin.shape[1]
sumLFVinOuterProductLFVpurch = np.zeros((nLFdim, nLFdim))
LFVoutChunk = np.zeros((LFoutChunkSize, nLFdim))
for LFVoutIndex in xrange(LFoutChunkSize):
LFVInIndexListPurch = indexByIndexPurch[LFVoutIndex]
sumLFVinOuterProductLFVpurch[:, :] = 0.
LFVInIndexChunkLow, LFVInIndexChunkHigh = getChunkBoundaries(len(LFVInIndexListPurch), outerProductChunkSize)
for LFVInIndexChunkI in xrange(len(LFVInIndexChunkLow)):
LFVinSlice = LFVin[LFVInIndexListPurch[LFVInIndexChunkLow[LFVInIndexChunkI] : LFVInIndexChunkHigh[LFVInIndexChunkI]], :]
sumLFVinOuterProductLFVpurch += sum(LFVinSlice[:, :, np.newaxis] * LFVinSlice[:, np.newaxis, :])
LFVoutChunk[LFVoutIndex, :] = np.linalg.solve(confWeight * sumLFVinOuterProductLFVpurch + sumLFVinOuterProductLFVallPlusPenaltyTerm, XY[LFVoutIndex, :])
queue.put((chunkI, LFVoutChunk))
print 'solveForLFV: ', time.time() - startTime, 'sec'
sys.stdout.flush()
queue
用于从每个子进程返回结果。 - Yevgeny