我有一组包含23个变量的观测数据。
当我使用prcomp和biplot绘制结果时，遇到了几个问题：
实际的图表只占据了一半的框架（x < 0），但是图表在0点处居中，所以浪费了一半的空间
两个变量显然主导了结果，所以所有其他箭头被挤在一起，无法阅读
ad 1. 我尝试设置xlim和/或ylim，但显然我做错了什么，因为我这样做时图表出了问题
ad 2. 我可以通过某种方式让箭头标签分开放置以便于阅读吗？或者我可以仅绘制除了最长的两条之外的箭头（类似于缩小）？
补充说明：是否可以让biplot将标签绘制成不同颜色而不是箭头？
此外：如果x轴和y轴的比例不成比例（图形在x轴和y轴上的间隔长度不同），是否会存在问题？ 我认为这将使箭头之间的角度偏斜，并且这种调整不是相似变换。 是否可以强制biplot保持1:1的纵横比，或将绘图作为矩形而不是正方形进行绘制？
我认为您可以使用 xlim 和 ylim。此外，请查看 ?biplot 中的 expand 参数。不幸的是，您没有提供任何数据，因此让我们使用一些示例数据：
a <- princomp(USArrests)
以下是仅调用biplot的结果：
biplot(a)
现在，使用xlim和ylim可以“放大”以更仔细地查看“谋杀”和“强奸”，还可以使用?biplot中的缩放参数expand：
biplot(a, expand=10, xlim=c(-0.30, 0.0), ylim=c(-0.1, 0.1))
expand因子不同，顶部和右侧轴的比例尺不同。biplot不支持此操作，但您可以复制stats:::biplot.default代码，并根据需要进行更改（在使用plot、axis和text时更改col参数）。ggplot绘制双图。在这里的帖子中，实现了一个简单的双图函数。您可以按以下方式更改代码：PCbiplot <- function(PC, x="PC1", y="PC2", colors=c('black', 'black', 'red', 'red')) {
# PC being a prcomp object
data <- data.frame(obsnames=row.names(PC$x), PC$x)
plot <- ggplot(data, aes_string(x=x, y=y)) + geom_text(alpha=.4, size=3, aes(label=obsnames), color=colors[1])
plot <- plot + geom_hline(aes(0), size=.2) + geom_vline(aes(0), size=.2, color=colors[2])
datapc <- data.frame(varnames=rownames(PC$rotation), PC$rotation)
mult <- min(
(max(data[,y]) - min(data[,y])/(max(datapc[,y])-min(datapc[,y]))),
(max(data[,x]) - min(data[,x])/(max(datapc[,x])-min(datapc[,x])))
)
datapc <- transform(datapc,
v1 = .7 * mult * (get(x)),
v2 = .7 * mult * (get(y))
)
plot <- plot + coord_equal() + geom_text(data=datapc, aes(x=v1, y=v2, label=varnames), size = 5, vjust=1, color=colors[3])
plot <- plot + geom_segment(data=datapc, aes(x=0, y=0, xend=v1, yend=v2), arrow=arrow(length=unit(0.2,"cm")), alpha=0.75, color=colors[4])
plot
}
请按如下方式绘制：
fit <- prcomp(USArrests, scale=T)
PCbiplot(fit, colors=c("black", "black", "red", "yellow"))
如果您稍微尝试一下这个函数，我相信您可以弄清如何设置xlim和ylim值等。